三陰性乳腺癌細胞樣本RNA-Seq數(shù)據(jù)分析.pdf

1、乳腺癌是一種嚴重威脅女性健康的多基因遺傳性惡性腫瘤，發(fā)病率呈逐年上升并且年輕化的趨勢。有報道表明三陰性乳腺癌患者約占乳腺癌患者總數(shù)的20％左右，但卻幾乎是最難以治療的，通常情況下預后差且生存率低。在中國,乳腺癌的發(fā)病率遠低于歐美國家，但死亡率卻顯著高于歐美，這與我們國家醫(yī)療水平及對乳腺癌的認識和預防措施不到位有關。因此三陰性乳腺癌的基礎研究可為該疾病的診斷和治療提供依據(jù)。我們通過分析三陰性乳腺癌細胞和正常乳腺細胞的RNA-seq數(shù)據(jù)得到

2、如下結果：
　　1.正常乳腺細胞、基底樣乳腺癌細胞和管腔樣乳腺癌細胞共15個細胞樣本的RNA-seq數(shù)據(jù)聚類分析得到兩類細胞樣本，正常乳腺細胞聚為一類，乳腺癌細胞聚為一類。WGCNA分析得到4個modules，分別是與乳腺癌細胞相關的black module，與基底樣乳腺癌細胞相關的brown module，與管腔樣乳腺癌相關的cyan module，與正常乳腺細胞相關的magenta module。
　　2.正常乳腺細胞中

3、lncRNA的數(shù)量是乳腺癌細胞中的3.53倍，由此我們可以推測出在乳腺癌細胞中l(wèi)ncRNA表達下調。lncRNA表達情況很明顯分成四個部分，第一部分是在正常乳腺細胞中高表達，第二部分是基底樣乳腺癌細胞中高表達，第三部分是在管腔樣乳腺癌細胞中高表達，最后一部分是在正常乳腺細胞里低表達，在兩種乳腺癌細胞中都高表達的lncRNA。
　　3.我們通過cuffdiff軟件處理數(shù)據(jù)得到基底樣乳腺癌細胞和正常乳腺細胞的差異基因數(shù)為5480個，管

4、腔樣乳腺癌細胞和正常乳腺細胞的差異基因數(shù)為5027個，基底樣乳腺癌細胞和管腔樣乳腺癌細胞的差異基因數(shù)為3066個。
　　4.管腔樣乳腺癌細胞與正常乳腺細胞的差異基因和基底樣乳腺癌細胞與正常的乳腺細胞的差異基因GO分析都有類似的結論，即乳腺癌細胞與正常乳腺細胞的差異基因富集在翻譯（GO:0006412~translation）及翻譯相關的生物學途徑（GO:0006414~translational elongation），KEGG分

5、析結果也證實了差異基因富集在核糖體信號通路（hsa03010:Ribosome）。我們推測這可能是由于乳腺癌細胞大量增殖，需要很多的營養(yǎng)物質。
　　5.管腔樣乳腺癌細胞和基底樣乳腺癌細胞的差異基因則主要富集在胰腺癌（Pancreatic cancer）、膀胱癌（Bladder cancer）、系統(tǒng)性紅斑狼瘡（Systemiclupus erythematosus）、結直腸癌（Colorectal cancer）等疾病通路，可以推測