對影響蛋白質(zhì)螺旋結構中氫鍵形成因素的研究.pdf

1、本文是基于Chou-Fasman法則的計算原理，通過對Fasman法則計算公式的分析，并且對當初Chou-Fasman計算得到的結果進行了重新計算和優(yōu)化，得到了新的蛋白質(zhì)二級結構傾向性因子值，同時從另一方面證明了Chou-Fasman法則的正確性。
　　 文章使用的數(shù)據(jù)均來源于PDB（蛋白質(zhì)二級結構數(shù)據(jù)庫）數(shù)據(jù)庫，二級結構分類數(shù)據(jù)庫選擇的是SCOP數(shù)據(jù)庫，二級結構定義數(shù)據(jù)庫選擇的是DSSP（蛋白質(zhì)二級結構定義數(shù)據(jù)庫）數(shù)據(jù)庫，。經(jīng)

2、過自己開發(fā)的軟件將從網(wǎng)上下載得到的數(shù)據(jù)庫進行一定的轉(zhuǎn)換，為本課題提供服務，主要數(shù)據(jù)庫最終分為兩種：1，DSSP非冗余數(shù)據(jù)庫，其目的在于減少冗余度對本課題計算結果造成的誤差的影響；2，DSSP隨機數(shù)據(jù)庫，本數(shù)據(jù)庫做為計算結果的驗證集，目的在于驗證計算從非冗余數(shù)據(jù)庫中計算得到的結果。
　　 由于沒有現(xiàn)成的能滿足本課題需要的數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)挖掘和數(shù)據(jù)分析處理軟件，因此在完成本課題之前需要自己設計開發(fā)一款軟件作為課題的硬件支持。本課題選用的是

3、Delphi7開發(fā)平臺，開發(fā)了課題專門的數(shù)據(jù)處理軟件。
　　 文章對長度為4的多肽模型進行了數(shù)據(jù)挖掘和分析處理，發(fā)現(xiàn)在這種模型出現(xiàn)的螺旋和非螺旋結構中，呈現(xiàn)出一種趨勢：當中間2，3位位點的螺旋傾向性因子值高于某個值時，和低于某個值時，這種模型將出現(xiàn)不同的二級結構，即：當中間位點的氨基酸殘基的Fasman傾向性均值大于1時，這種模型大多呈現(xiàn)螺旋結構，比例高達80％左右，當傾向性均值小于1時，這種模型很少呈現(xiàn)螺旋結構，比例高達70％