豬PA28和PA700基因家庭相關(guān)基因的分離、定位、SNP-,S-檢測(cè)及其與性狀的關(guān)聯(lián)分析.pdf

1、該研究利用生物信息學(xué)與分子生物學(xué)技術(shù)相結(jié)合的方法,克隆和定位了這兩個(gè)家族的12個(gè)基因(PA28家族的2個(gè)基因和PA700家族的10個(gè)基因),取得了如下結(jié)果:1.結(jié)合豬EST數(shù)據(jù)庫(kù)的信息和cDNA末端快速擴(kuò)增(RACE)的方法,分離并鑒定了豬蛋白酶體激活因子PA28α和PA28β基因(PSME1和PSME2)的全長(zhǎng)cDNA序列,GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)收錄號(hào)分別為AF527990和AF527991.2.用RT-PCR的方法,我們對(duì)PSME1和

2、PSME2基因進(jìn)行了組織表達(dá)譜分析.3.利用電腦克隆、RACE和RT-PCR的方法相結(jié)合,克隆了蛋白酶體激活因子PA700相關(guān)基因PSMC1、PSMC4和PSMC5共3個(gè)基因的全長(zhǎng)cDNA序列,以及PSMC2和PSMD4基因的完整編碼區(qū)(coding sequence,CDS).進(jìn)行了蛋白質(zhì)序列的推導(dǎo)和功能域的預(yù)測(cè).4.根據(jù)豬EST數(shù)據(jù)庫(kù)的已有數(shù)據(jù),利用PCR的方法,分離了PSMC1-PSMC6和PSMD2-PSMD5共10個(gè)基因的基因

3、組DNA片段并經(jīng)測(cè)序確認(rèn).5.用SCHP和IMpRH克隆板,對(duì)PSME1和PSME2基因進(jìn)行了染色體區(qū)域定位和精細(xì)定位.6.用IMpRH克隆板,對(duì)PA700基因家族的10個(gè)基因進(jìn)行了精細(xì)定位,結(jié)果表明,它們分布在8條不同的染色體上.7.對(duì)PA28的2個(gè)基因和PA700的10個(gè)基因共12個(gè)基因進(jìn)行了SNPs的檢測(cè).8.對(duì)上述10個(gè)可用PCR-RFLP方法檢測(cè)的SNPs在二花臉、梅山豬、藏豬、清平豬、杜洛克和大白豬中進(jìn)行群體遺傳學(xué)分析.9.

4、在試驗(yàn)雜交群體(L×YT;Y×LT)的上下代中檢測(cè)了這10個(gè)SNPs的遺傳方式,均呈共顯性遺傳方式.10.在荷蘭學(xué)者贈(zèng)送的資源家系中,對(duì)PSME1基因第八內(nèi)含子SphI-RFLP的多態(tài)性與部分生產(chǎn)性狀進(jìn)行了關(guān)聯(lián)分析.11.在該室與通城縣畜牧局合作組建的試驗(yàn)群體中,采用方差分析的最小二乘分析法,對(duì)上述SNPs(除了PSME1基因,PSMC5基因TaiI-RFLP、DdeI-RFLP和PSMD2基因)與部分生產(chǎn)性狀(如:初生至上市平均日增重