豬繁殖與呼吸綜合征病毒Nsp2基因和ORF5基因變異分析.pdf

1、豬繁殖與呼吸綜合征(PRRS)是由豬繁殖與呼吸綜合征病毒(PRRSV)引起的一種以母豬繁殖障礙和仔豬呼吸道疾病為特征的傳染病.在PRRSV的全基因組序列中,Nsp2基因和ORF5基因序列變異最大,對這兩個基因序列變異的分析在一定程度上能夠反映PRRSV整個基因組序列變異的情況.該研究即通過對不同PRRSV毒株Nsp2基因和ORF5基囚序列的測定和比較,分析中國流行毒株的遺傳變異,進(jìn)而了解中國PRRSV流行毒株的分子流行病學(xué)規(guī)律,為PRR

2、S的防制提供必要的分子流行病學(xué)信息.采用RT-PCR方法擴(kuò)增PRRSV的Nsp2基因和ORF5基因片段,分別從10份PRRSV陽性組織材料中獲得Nsp2基因的部分序列片段,從26份PRRSV陽性組織材料中獲得ORF5基因片段.將擴(kuò)增得到的cDNA片段克隆于pGEM-T載體中,進(jìn)行序列測定和分析,發(fā)現(xiàn)在獲得的Nsp2基因序列中有2個存在著缺失:BJ-13存在連續(xù)3個核苷酸的缺失,HB-4存在111個核苷酸的間隔缺失,其它8個Nsp2基因擴(kuò)

3、增的序列長度均為1108bp;獲得的26個ORF5基因序列長度均為603bp.序列比較結(jié)果表明所獲得Nsp2基因序列核苷酸的相似性為76.1﹪~97.4﹪,與VR2332株的相似性為76.4﹪~99.6﹪,與LV株的相似性為38﹪~38.5﹪;獲得ORF5基因序列核苷酸的相似性為84.1﹪~99.8﹪,與VR2332株的相似性為86.4﹪~99.5﹪,與LV株的相似性為62.3﹪~64.8﹪,表明所獲得序列的流行毒株均屬美洲型.參考國內(nèi)

4、外已經(jīng)發(fā)表的Nsp2基因和ORF5基因序列,采用分子生物學(xué)軟件繪制了PRRSV的遺傳演化關(guān)系圖.依據(jù)ORF5基因序列進(jìn)行的遺傳演化分析結(jié)果表明,美洲型PRRSV可分為4個亞群,中國目前流行的PRRSV毒株屬于其中的3個亞群:以BJ-4為代表的毒株屬于亞群1;以CH-1a,HB.1和HB-2株為代表的毒株屬于亞群2;以BJ-13為代表的毒株屬于亞群4.推導(dǎo)編碼氨基酸的比較結(jié)果表明,分屬于不同亞群的國內(nèi)不同地區(qū)流行的PRRSV毒株在ORF5