版權(quán)說明:本文檔由用戶提供并上傳,收益歸屬內(nèi)容提供方,若內(nèi)容存在侵權(quán),請進(jìn)行舉報或認(rèn)領(lǐng)
文檔簡介
1、論文題目:基于LPC及PSIBLAST譜的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)類預(yù)測方法研宄學(xué)科專業(yè):基礎(chǔ)數(shù)學(xué)學(xué)位申請人:周昶捷指導(dǎo)老師:王軍教授摘要生物信息學(xué)是一門新興的前沿交叉學(xué)科,它綜合運用數(shù)學(xué)、計算機(jī)科學(xué)和生物學(xué)的各種工具。它的研究焦點主要集中于使用統(tǒng)計學(xué)和計算機(jī)科學(xué)工具,分析和解釋海量分子生物學(xué)數(shù)據(jù)信息。生物信息學(xué)有十分廣泛的研究領(lǐng)域,幾乎涉及了生命科學(xué)的所有內(nèi)容?;趩我坏牡鞍踪|(zhì)序列信息來預(yù)測蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)又是生物信息學(xué)中一個重要的根本性問題。在第
2、二章中,我們主要敘述了一些常用的確定蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的方法。其中包含三種實驗測定蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)法和計算法預(yù)測蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)法。在計算法預(yù)測蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)法的基本步驟中,介紹了一些簡單的特征提取模型和常用的一些機(jī)器學(xué)習(xí)分類器:七近鄰算法,貝葉斯分類器和支持向量機(jī)。在第三章中,我們將給出預(yù)測蛋白質(zhì)的二級的一個新方法。我們應(yīng)用了一個被稱為線性預(yù)測編碼的信號處理工具,并使用它從蛋白質(zhì)序列提取序列特征和預(yù)測蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)類。首先,使用PSIBLAST工具將
3、原始的蛋白質(zhì)序列中的進(jìn)化信息轉(zhuǎn)化為位置特異性得分矩陣。其次,線性預(yù)測編碼算法將被應(yīng)用于從蛋白質(zhì)序列對應(yīng)的位置特異性得分矩陣中提取氨基酸之間的位置相關(guān)性特征并且將最終的線性預(yù)測編碼系數(shù)作為預(yù)測模型的特征向量。最后,基于支持向量機(jī)的交叉驗證試驗表明我們所提出的方法應(yīng)用在四個標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)集上取得較好的全局精確度。本文提供了一個新的特征提取方法并且在蛋白質(zhì)二級分類問題上取得較好的表現(xiàn)。關(guān)鍵詞:線性預(yù)測編碼;夾克刀交叉驗證;蛋白質(zhì);位置特異性得分矩陣
4、:二級結(jié)構(gòu);支持向量機(jī)namelylinearpredictivecoding(LPC),toextractfeaturesandpredictstructuralclassofaproteinsequenceFirst,thePSIBLASTprogramwasemployedtotransformevolutionaryinformationoftheoriginalproteinsequencestoposition—specif
5、icscorematrices(PSSM)Then,theLPCalgorithmisappliedtoextractlocalcorrelationfeaturesofpeptidesfromPSSMsofproteinsequences,andthefinalLPCcoefficientsareservedaspredictivefeaturesCrossvalidationtestsbysupportvectormachinesh
6、owedthattheproposedmethodtakesasignificantleapattheoverallaccuracyonfourbenchmarkdatasetsThisstudyprovidesanewfeatureextractionmethodandachievesagoodperformanceonproteinstructuralclassificationproblemKeywords:Bioinformat
溫馨提示
- 1. 本站所有資源如無特殊說明,都需要本地電腦安裝OFFICE2007和PDF閱讀器。圖紙軟件為CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.壓縮文件請下載最新的WinRAR軟件解壓。
- 2. 本站的文檔不包含任何第三方提供的附件圖紙等,如果需要附件,請聯(lián)系上傳者。文件的所有權(quán)益歸上傳用戶所有。
- 3. 本站RAR壓縮包中若帶圖紙,網(wǎng)頁內(nèi)容里面會有圖紙預(yù)覽,若沒有圖紙預(yù)覽就沒有圖紙。
- 4. 未經(jīng)權(quán)益所有人同意不得將文件中的內(nèi)容挪作商業(yè)或盈利用途。
- 5. 眾賞文庫僅提供信息存儲空間,僅對用戶上傳內(nèi)容的表現(xiàn)方式做保護(hù)處理,對用戶上傳分享的文檔內(nèi)容本身不做任何修改或編輯,并不能對任何下載內(nèi)容負(fù)責(zé)。
- 6. 下載文件中如有侵權(quán)或不適當(dāng)內(nèi)容,請與我們聯(lián)系,我們立即糾正。
- 7. 本站不保證下載資源的準(zhǔn)確性、安全性和完整性, 同時也不承擔(dān)用戶因使用這些下載資源對自己和他人造成任何形式的傷害或損失。
最新文檔
- 基于多信息融合的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)類預(yù)測方法研究.pdf
- 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測方法研究.pdf
- 基于蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)及聚類算法的蛋白質(zhì)功能預(yù)測方法研究.pdf
- 基于序列特征的蛋白質(zhì)功能類預(yù)測方法研究.pdf
- 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測
- 基于統(tǒng)計建模方法的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測研究.pdf
- 基于空間約束的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測方法概述
- 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測方法學(xué)研究.pdf
- 無序蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測方法研究.pdf
- 基于同源建模的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測方法的研究.pdf
- 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測新方法的研究.pdf
- 基于蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)與蛋白質(zhì)功能的關(guān)鍵蛋白質(zhì)預(yù)測研究.pdf
- 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測模型優(yōu)化方法研究.pdf
- 49033.蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測及其方法研究
- 蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)復(fù)合物結(jié)構(gòu)預(yù)測.pdf
- 蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預(yù)測方法研究.pdf
- 從頭預(yù)測蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)元啟發(fā)方法研究.pdf
- 25175.基于計算智能技術(shù)的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測方法研究
- 基于機(jī)器學(xué)習(xí)的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)類預(yù)測與質(zhì)量評估.pdf
- 基于HMM方法的蛋白質(zhì)局部片段結(jié)構(gòu)屬性的預(yù)測研究.pdf
評論
0/150
提交評論