16864.基于自由詞的基因功能注釋和分子網絡構建

1、南方醫(yī)科大學2009級碩士學位論文基于自由詞的基因功能注釋和分子網絡構建Functionalclusterofgenesandconstructionofmolecularnetworksbasedonfreeterms課題來源：廣州市科技條件建設項目《：廣州生物醫(yī)藥公共服務平臺(國際生物島)信息中心生物醫(yī)藥網絡文獻挖掘系統(tǒng)建設》(編號：穗科條[200917—24)專業(yè)名學位申請指導教稱遺傳學人師答辯委員會主席答辯委員會成員汪佳宏黃仲曦

2、副教授鐘雪云教授姚開泰教授鐘雪云教授湛鳳凰教授陳系古教授安靚教授趙彤教授李欣教授論文評閱人鐘雪云教授安靚教授2012年5月13日摘要人工編輯自由詞的方式注釋基因功能；2)從Pubmed摘要中識別并整合最全面的分子相互作用，構建分子相互作用網絡及與任意自由詞相關的子網絡。_材料與方法1、文獻挖掘人基因功能和分子網絡。(1)數據庫下載：將PubMed文獻數據庫、Entrezgene基因名稱數據庫和HUGO基因名稱數據庫下載到本地并定期更新。

3、(2)基因相關文獻識別：整合Entrezgene基因名稱數據庫和HUGO基因名稱數據庫，建立人基因名稱數據庫；根據人基因名稱(包括縮寫、別名、全稱和產物名稱等)，制定基因名稱的識別規(guī)則，識別PubMed中的基因相關文獻，建成數據庫。我們采用基于詞典和基于規(guī)則的混合方法識別基因相關文獻。首先，提取人基因名稱(包括縮寫、別名、全稱和產物名稱等)和Entrezgene的基因簡介。對基因名稱作相應的擴展、刪減和修正，以提高基因名稱識別查全率。同

4、時，根據基因全稱和基因簡介制定輔助檢索詞，提高基因名稱識別準確率。然后，在BiocreativeIIGN訓練集上總結歸納復雜的基因名稱識別規(guī)則，進一步提高基因名稱識別查全率和準確率。(3)基因功能注釋識別：識別至少在兩個基因的相關文獻中高頻率出現的非公共詞匯的單詞和詞組為基因的功能注釋(即關鍵詞)，建成數據庫。我們通過兩種方法識別基因的關鍵詞。一、識別基因相關文獻中高頻率出現的非公共詞匯為基因的候選關鍵詞。二、識別基因相關文獻中高頻率出