27508.蛋白質(zhì)特異性分子相互作用的設(shè)計(jì)、篩選及應(yīng)用

1、中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)博士學(xué)位論文蛋白質(zhì)特異性分子相互作用的設(shè)計(jì)、篩選及應(yīng)用姓名：丁博申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別：博士專業(yè)：生物信息學(xué)指導(dǎo)教師：劉海燕20100401摘要質(zhì)量也無法控制。我們以高通量寡聚核苷酸合成和高通量測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，找到一利一構(gòu)建高質(zhì)量突變庫(kù)的方法。首先，以原抗體氨基酸序列為出發(fā)點(diǎn)，通過生物信息學(xué)方法找到與其CDR區(qū)同源的序列，通過多序列比對(duì)對(duì)每個(gè)帶突變位點(diǎn)的突變范圍進(jìn)行定義。然后引入贗核苷酸編碼通過高通量合成得到突變庫(kù)，通過商通量測(cè)序及測(cè)

2、序結(jié)果分析對(duì)突變庫(kù)的質(zhì)量進(jìn)行評(píng)估，同時(shí)也通過評(píng)估的結(jié)果改進(jìn)合成策略，重新合成，這樣循環(huán)下來可以得到高質(zhì)量的突變庫(kù)。我們以A21為模板，構(gòu)建出了位置飽和微擾且均一的突變庫(kù)。同時(shí)我們也試圖通過對(duì)篩選前和篩選后的突變庫(kù)分別進(jìn)行高通量測(cè)序，通過對(duì)每個(gè)突變體富集比例的計(jì)算確定抗體親n』j的提高倍數(shù)，驗(yàn)訂E實(shí)驗(yàn)還在進(jìn)?！竭M(jìn)行中。詒：蟹白質(zhì)‘j其底物分于特異陀相互作用的綜合利用方面，我們以蛋白質(zhì)和DNA；鉬互作片j為研究對(duì)象，希望基于現(xiàn)有的理論和實(shí)

3、驗(yàn)方法找到更多特異性識(shí)別的蛋白質(zhì)和DNA序列以及新的組合模式通過這些調(diào)控實(shí)現(xiàn)更復(fù)雜的動(dòng)力學(xué)行為。我們通過對(duì)乳糖阻遏蛋白及其結(jié)合DNA序列三維結(jié)構(gòu)的分析得到對(duì)識(shí)別特異性i起到關(guān)鍵作用的位點(diǎn)，通過理論和實(shí)驗(yàn)上對(duì)位點(diǎn)進(jìn)行飽和突變，并檢驗(yàn)對(duì)新的DNA序列的識(shí)別情況，找到新的蛋白質(zhì)和DNA識(shí)別組合。接下來，我們通過瑚論模型找刊J實(shí)現(xiàn)“與”邏輯運(yùn)算和“或”邏輯運(yùn)算在所必需的參數(shù)范圍，并在實(shí)驗(yàn)上滿足參數(shù)要求，成功在細(xì)菌內(nèi)構(gòu)建邏輯計(jì)算元件和邏輯計(jì)算網(wǎng)絡(luò)