用比較基因組的方法分析植物病原細(xì)菌致病性相關(guān)基因.pdf

1、本文對已完成全基因組測序的16個植物病原細(xì)菌基因組進(jìn)行序列分析，推測出基因組中的致病基因并對其進(jìn)行了功能分類。通過將這些致病基因與20個細(xì)菌(包括16個已完成全基因組測序的植物病原細(xì)菌)基因組中的基因進(jìn)行BlastP分析，確定了這些植物病原細(xì)菌基因組中的菌株特有基因。如：土壤根癌桿菌菌株C58特有基因有19個，歐文氏菌馬鈴薯黑脛亞種SCRI1043特有基因有11個，拉爾氏菌屬的茄科青枯雷爾氏菌GMI1000的特有基因有10個，苛養(yǎng)木桿菌

2、Temeculal特有基因有3個，苛養(yǎng)木桿菌9a5c特有基因有1個，甘蔗宿根矮化病菌CTCB07特有基因有8個，丁香假單胞桿菌菜豆致病變種1448A特有基因有8個，丁香假單胞桿菌馬鈴薯致病變種DC3000特有基因有3個，丁香假單胞桿菌的丁香致病變種B728a特有基因有2個，黃單胞菌番茄致病變種85-10特有基因有4個，黃單胞菌柑橘致病變種306特有基因有2個，黃單胞菌野油菜致病變種特有基因有4個，黃單胞菌水稻致病變種特有基因有2個。

3、 對11個植物病原細(xì)菌基因組中編碼III型分泌系統(tǒng)的hrp基因簇進(jìn)行比較分析，確定了不同屬基因簇中的屬特有基因。如：假單胞菌屬特有基因有5個，歐文氏菌屬有5個，拉爾氏菌屬有4個，黃單胞菌屬有3個。在這些屬的特有基因中假單胞菌屬的hrpA<,1>，歐文氏菌屬的hrpA、拉爾氏菌屬的hrpY、黃單胞菌屬的hrpE均是編碼III型菌毛的基因。通過對這4個屬hrp基因簇中同源的3個hrc基因構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹，發(fā)現(xiàn)樹形相似，均是假單胞菌屬和歐文