白菜參考遺傳圖譜的構(gòu)建.pdf

1、白菜類(lèi)作物是一種重要的經(jīng)濟(jì)作物，也是研究基因組多倍化和形態(tài)演化的模式植物。國(guó)際白菜基因組測(cè)序項(xiàng)目于2003年啟動(dòng)，新一代測(cè)序技術(shù)在2008年成功應(yīng)用于白菜測(cè)序過(guò)程中。已經(jīng)發(fā)表的有關(guān)指導(dǎo)白菜染色體組裝的遺傳連鎖圖譜，僅能將73.6％的scaffold錨定到染色體上。因此，構(gòu)建一個(gè)更好覆蓋基因組的遺傳連鎖圖譜用以指導(dǎo)白菜染色體的組裝是非常必要的。InDel(insertion-deletion length polymorphism，插入缺

2、失長(zhǎng)度多態(tài)性)標(biāo)記是一種基于基因組序列的新型分子標(biāo)記類(lèi)型，具有標(biāo)記特異性高、穩(wěn)定性好、檢測(cè)方法簡(jiǎn)單、經(jīng)濟(jì)等優(yōu)點(diǎn)?；谌蚪M測(cè)序的InDel標(biāo)記開(kāi)發(fā)能夠開(kāi)發(fā)出大量在基因組中均勻分布的分子標(biāo)記，為高密度遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建、控制重要農(nóng)藝性狀的目的基因的精細(xì)定位和功能基因的圖位克隆奠定堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)。
　　 本研究利用白菜重測(cè)序序列開(kāi)發(fā)的InDel標(biāo)記，構(gòu)建了一個(gè)高密度白菜遺傳連鎖圖譜，該圖譜可作為白菜基因組組裝、染色體錨定的參考圖譜。此連

3、鎖圖譜的開(kāi)發(fā)和構(gòu)建對(duì)白菜基因組序列信息和遺傳信息的整合將發(fā)揮著至關(guān)重要的作用。主要結(jié)果如下：
　　 1.以六個(gè)有代表性的白菜品系為材料，從PCR反應(yīng)體系、反應(yīng)程序和標(biāo)記檢測(cè)體系等方面的對(duì)InDel分子標(biāo)記技術(shù)進(jìn)行優(yōu)化，最終建立了一套完善的適用于白菜類(lèi)作物的InDel標(biāo)記檢測(cè)體系。
　　 2.本試驗(yàn)所獲得的RCZ16_DH群體白菜類(lèi)作物遺傳連鎖參考圖譜由507個(gè)序列特異性分子標(biāo)記組成，其中InDel標(biāo)記415個(gè)，SSR標(biāo)記

4、92個(gè)。覆蓋基因組總長(zhǎng)度為1234.2cM，標(biāo)記間平均圖距為2.43cM，標(biāo)記間平均物理距離為559.8kbp，整個(gè)連鎖圖中的平均標(biāo)記數(shù)為0.41個(gè)/cM，是目前最飽和的白菜參考遺傳連鎖圖譜。
　　 3.利用構(gòu)建的RCZ16_DH群體參考遺傳圖譜能將152個(gè)scaffold(235Mb)錨定到白菜染色體中，覆蓋白菜組裝基因組的82.9％。該圖譜成功應(yīng)用在指導(dǎo)白菜染色體的組裝過(guò)程中，結(jié)合之前發(fā)表的VCS_DH、JWF3P和CKDH