分子標記遺傳圖譜的構建方法---完整

1、分子標記遺傳圖譜的構建分子標記遺傳圖譜的構建檢測出的每個分子標記反映的都是相應染色體座位上的遺傳多態(tài)性狀態(tài)。為了有效地分析利用分子標記所提供的遺傳信息，人們希望知道不同分子標記在染色體上的相對位置或排列情況，也就是要構建分子標記的遺傳連鎖圖譜。利用DNA標記構建遺傳連鎖圖譜在原理上與傳統(tǒng)遺傳圖譜的構建是一樣的。其基本步驟包括：選擇適合作圖的DNA標記；根據遺傳材料之間的DNA多態(tài)性，選擇用于建立作圖群體的親本組合；建立具有大量DNA標記

2、處于分離狀態(tài)的分離群體或衍生系；測定作圖群體中不同個體或株系的標記基因型；對標記基因型數(shù)據進行連鎖分析，構建標記連鎖圖。至今為止，已構建了許多植物的高密度分子標記連鎖圖。本章側重介紹利用DNA標記構建分子遺傳連鎖圖譜的原理與方法。第一節(jié)第一節(jié)作圖群體的建立作圖群體的建立要構建DNA標記連鎖圖譜，必須建立作圖群體。建立作圖群體需要考慮的重要因素包括親本的選配、分離群體類型的選擇及群體大小的確定等。一、親本的選一、親本的選配親本的選擇直接影

3、響到構建連鎖圖譜的難易程度及所建圖譜的適用范圍。一般應從四個方面對親本進行選擇，首先要考慮親本間的DNA多態(tài)性。親本之間的DNA多態(tài)性與其親緣關系有著密切關系，這種親緣關系可用地理的、形態(tài)的或同工酶多態(tài)性作為選擇標準。一般而言，異交作物的多態(tài)性高，自交作物的多態(tài)性低。例如，玉米的多態(tài)性極好，一般自交系間配制的群體就可成為理想的RFLP作圖群體；番茄的多態(tài)性較差，因而只能選用不同種間的后代構建作圖群體；水稻的多態(tài)性居中，美國康乃爾大學S.

4、D.Tanksley實驗室1988年發(fā)表的RFLP連鎖圖譜是以秈稻和爪哇稻之間的雜交組合為基礎構建的（McCouchetal.1988）。在作物育種實踐中，育種家常將野生種的優(yōu)良性狀轉育到栽培種中，這種親源關系較遠的雜交轉育，DNA多態(tài)性非常豐富。第二，選擇親本時應盡量選用純度高的材料，并進一步通過自交進行純化。第三，要考慮雜交后代的可育性。親本間的差異過大，雜種染色體之間的配對和重組會受到抑制，導致連鎖座位間的重組率偏低，并導致嚴重的

5、偏分離現(xiàn)象，降低所建圖譜的可信度和適用范圍；嚴重的還會降低雜種后代的結實率，甚至導致不育，影響分離群體的構建。由于各種原因，僅用一對親本的分離群體建立的遺傳（二）（二）BC1群體群體BC1（回交一代）也是一種常用的作圖群體。BC1群體中每一分離的基因座只有兩種基因型，它直接反映了F1代配子的分離比例，因而BC1群體的作圖效率最高，這是它優(yōu)于F2群體的地方。BC1群體還有一個用途，就是可以用來檢驗雌、雄配子在基因間的重組率上是否存在差異。

6、其方法是比較正、反回交群體中基因的重組率是否不同。例如正回交群體為（AB）A，反回交群體為A（AB），則前者反映的是雌配子中的重組率，后者反映的是雄配子中的重組率。雖然BC1群體是一種很好的作圖群體，但它也與F2群體一樣，存在不能長期保存的問題。可以用F2中使用的類似方法來延長BC1群體的使用時間。另外，對于一些人工雜交比較困難的植物，BC1群體也不太合適，因為一是難以建立較大的BC1群體，二是容易出現(xiàn)假雜種，造成作圖的誤差。順便一提，

7、對于一些自交不親和的材料，可以使用三交群體，即（AB）C。由于存在自交不親和性，這樣的三交群體中不存在假雜種現(xiàn)象。（三）（三）RI群體群體RI（重組自交系）群體是雜種后代經過多代自交而產生的一種作圖群體，通常從F2代開始，采用單粒傳的方法來建立。由于自交的作用是使基因型純合化，因此，RI群體中每個株系都是純合的，因而RI群體是一種可以長期使用的永久性分離群體。理論上，建立一個無限大的RI群體，必須自交無窮多代才能達到完全純合；建立一個有

8、限大小的RI群體則只需自交有限代。然而，即使是建立一個通常使用的包含100~200個株系的RI群體，要達到完全純合，所需的自交代數(shù)也是相當多的。據吳為人等（1997）從理論上推算，對一個擁有10條染色體的植物種，要建立完全純合的RI作圖群體，至少需要自交15代?？梢?，建立RI群體是非常費時的。在實際研究中，人們往往無法花費那么多時間來建立一個真正的RI群體，所以常常使用自交6~7代的“準”RI群體。從理論上推算，自交6代后，單個基因座的