三侏不同禽源新城疫病毒的全基因組序列測定與分析.pdf

1、新城疫是由新城疫病毒引起的主要侵害禽類的一種急性、熱性、高度接觸性傳染病。該病是全球范圍內最嚴重的禽類傳染病之一，嚴重威脅養(yǎng)禽業(yè)的發(fā)展。其病原新城疫病毒是有囊膜的單股負鏈RNA病毒。病毒基因組全長15Kb，包含六個串聯(lián)排列的基因，依次為3'-NP-P-M-F-HN-L-5'，分別編碼核衣殼蛋白(NP)、磷蛋白(P)、基質蛋白(M)、融合蛋白(F)、血凝素-神經(jīng)氨酸酶(HN)和大分子蛋白(L)。
　　 本研究根據(jù)GenBank上已

2、公布的新城疫病毒的全基因組序列設計10對引物，分別以安徽鳳陽新城疫病毒雞源分離株WF00C、鴨源分離株WF00D及鵝源分離株WF00G的基因組RNA為模板，通過RT-PCR的方法擴增出各目的片段，與pMD18-T載體連接后轉化到感受態(tài)細胞DH5a，挑取PCR鑒定正確的陽性克隆送公司測序。用DNASTAR軟件對測序結果進行拼接，得到了WF00C、WF00D及WF00G的全基因組序列，并從全基因組序列同源性、基因組結構、np基因末端的核苷酸

3、序列、各基因遺傳進化情況、各基因核苷酸及氨基酸序列同源性、Leader序列和Trailer序列同源性等方面對WF00C、WF00D、WF00G及其它NDV參考毒株進行比較分析。結果表明，WF00C、WF00D及WF00G的全基因組序列全長均為15192nt，與ZJ1、NA-1等毒株的基因組長度相同，比傳統(tǒng)毒株LaSota、B1、Clone30等的基因組長6個核苷酸。WF00D、WF00C、WF00G的親緣關系很近，尤以WF00D和WF0

4、0G的親緣關系最近。WF00D、WF00C、WF00G在基因型分類上均歸屬于基因Ⅶ型，與同屬于基因Ⅶ型的國內當前流行株ZJ1、NA-1、SF02、FMW等親緣關系近，而與基因Ⅱ型的傳統(tǒng)疫苗株或弱毒株LaSota、B1、Clone30和基因Ⅸ型的國內標準強毒株F48E8親緣關系遠。NDV流行株與傳統(tǒng)疫苗株之間已發(fā)生較大差異。NDV基因組結構在遺傳進化上高度保守?；蚪M的演化是在整體水平上進行的，l基因在病毒演化過程中保守性高，而p基因的保

5、守性較差。NDV各毒株的3'端調控區(qū)同源性較高，而5'端調控區(qū)同源性較低。WF00C、WF00D及WF00G的各基因核苷酸的堿基突變多為C-T之間或者是A-G之間的轉換，引起的大部分為同義突變。
　　 本研究測定了WF00D、WF00C、WF00G的全基因組序列并在分子水平上研究了它們的遺傳變異情況、進化關系、分類地位及毒力差異的原因，為研究NDV的種間傳播的分子機制，揭示NDV的演化規(guī)律奠定基礎;為NDV的分子流行病學調查提供