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文檔簡(jiǎn)介
1、由大豆疫霉菌(Phytophthora sojae Kaufmann&Gerdemann,P.sojae)引起的大豆疫霉根腐病是大豆生產(chǎn)上的毀滅性土傳病害之一。研究大豆疫霉根腐病的抗病機(jī)制,是培育廣譜、穩(wěn)定、高效、持久抗病品種的基礎(chǔ)。microRNA(miRNA)是真核生物中發(fā)現(xiàn)的一類(lèi)內(nèi)源性的具有調(diào)控功能的非編碼小分子RNA,通過(guò)堿基互補(bǔ)配對(duì)的方式識(shí)別靶標(biāo)mRNA,并根據(jù)互補(bǔ)程度的不同指導(dǎo)沉默復(fù)合體降解靶標(biāo)mRNA或者抑制靶標(biāo)mRNA的
2、翻譯。miRNA在植物生長(zhǎng)發(fā)育和病害防御中起著重要的作用。
本研究首先證明植物基因沉默系統(tǒng)對(duì)卵菌的抗性具有重要的作用。利用同源搜索方法對(duì)栽培大豆中的miRNA進(jìn)行預(yù)測(cè);以大豆疫霉根腐病抗病、耐病和感病品種為材料,通過(guò)人工接種和miRNA芯片技術(shù),鑒定與大豆疫霉菌侵染相關(guān)和抗病類(lèi)型相關(guān)的miRNA;通過(guò)生物信息學(xué)方法預(yù)測(cè)miRNA的靶標(biāo)基因并進(jìn)行功能分析。根據(jù)miRNA在抗病、耐病和感病材料之間的表達(dá)差異,分析miRNA在抗
3、大豆疫霉根腐病途徑中的機(jī)制和作用,為培育和改良大豆疫霉根腐病抗性品種奠定基礎(chǔ)。主要研究結(jié)果如下:
1.植物基因沉默系統(tǒng)對(duì)卵菌抗性的作用利用煙草疫霉菌Pp025和辣椒疫霉菌Pc35接種擬南芥基因沉默突變體zippy、ago1-27、sgs3-11、rdr6-11,發(fā)現(xiàn)突變體的抗病性與野生型相比,略有增強(qiáng)。利用煙草瞬時(shí)轉(zhuǎn)化系統(tǒng),將p19注射至煙草葉片,然后接種Pp025,發(fā)現(xiàn)與對(duì)照GFP相比,病斑長(zhǎng)度明顯增長(zhǎng)。利用發(fā)根農(nóng)桿菌K
4、599介導(dǎo)的大豆瞬時(shí)轉(zhuǎn)化系統(tǒng),將p19轉(zhuǎn)入大豆,然后接種大豆疫霉菌P6497,發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)化p19的陽(yáng)性根毛對(duì)疫霉菌的抗病性有輕微的下降。結(jié)果初步顯示,植物的基因沉默系統(tǒng)與卵菌抗性之間存在著密切的關(guān)系。
2.栽培大豆中miRNA的預(yù)測(cè)通過(guò)比對(duì)擬南芥、水稻、苜蓿等所有植物中已知的miRNA成熟體序列與栽培大豆的EST序列,經(jīng)過(guò)層層嚴(yán)格篩選,鑒定到48條新的miRNA,并利用RT-PCR對(duì)預(yù)測(cè)的部分miRNA進(jìn)行實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。使用植物靶
5、基因預(yù)測(cè)軟件psRNAtarget,將該48個(gè)miRNA與大豆的基因組數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì),尋找可能的靶標(biāo)基因,一共獲得323個(gè)潛在的miRNA靶標(biāo)。根據(jù)基因的功能注釋?zhuān)l(fā)現(xiàn)靶基因編碼產(chǎn)物類(lèi)型多樣,其中包括轉(zhuǎn)錄因子、抗性蛋白等。同時(shí)還分析了包含有候選miRNA的EST的來(lái)源,結(jié)果發(fā)現(xiàn)有部分EST與脅迫響應(yīng)有關(guān),推測(cè)來(lái)源于這些EST的miRNA可能受脅迫的調(diào)控。
3.大豆中保守miRNA的表達(dá)分析選擇7個(gè)保守的miRNA進(jìn)行表達(dá)分
6、析。8個(gè)大豆品種進(jìn)行大豆疫霉菌P6497處理,通過(guò)Northern blotting技術(shù),對(duì)這7個(gè)miRNA進(jìn)行檢測(cè)。結(jié)果發(fā)現(xiàn),有6個(gè)miRNA在這8個(gè)品種中都有表達(dá)。
4.與大豆疫霉菌侵染相關(guān)和抗性相關(guān)的miRNA的鑒定為了鑒定與大豆疫霉菌侵染相關(guān)的miRNA,我們利用生物芯片檢測(cè)了三個(gè)對(duì)P6497具有不同抗性反應(yīng)的大豆品種(Williams,感病品種;Conrad,耐病品種;Williams82,抗病品種,含有Rps1
7、-k)接種P.sojae前后miRNA的表達(dá)模式,找到97個(gè)受P.sojae調(diào)控的miRNA,同時(shí)分析了與抗性類(lèi)型相關(guān)的miRNA。利用qRT-PCR對(duì)芯片中有顯著表達(dá)的9個(gè)miRNA進(jìn)行了驗(yàn)證,結(jié)果發(fā)現(xiàn)定量結(jié)果與芯片結(jié)果的一致性較高。
5.miRNA靶基因的預(yù)測(cè)及功能分析通過(guò)BLAST比對(duì),對(duì)miRNA的靶標(biāo)進(jìn)行預(yù)測(cè),并與前人已發(fā)表的大豆-大豆疫霉菌互作的基因芯片數(shù)據(jù)進(jìn)行比較,找到與miRNA表達(dá)趨勢(shì)相反的靶標(biāo)基因,并利
8、用實(shí)時(shí)定量PCR方法進(jìn)行驗(yàn)證。利用Gateway技術(shù)將與卵菌侵染顯著相關(guān)的10個(gè)miRNA前體構(gòu)建至植物表達(dá)載體pEarleyGate103中,并在煙草和大豆中進(jìn)行遺傳轉(zhuǎn)化,初步結(jié)果表明過(guò)表達(dá)miRNA能影響大豆疫霉菌的致病性。
通過(guò)上述研究,我們初步明確了植物基因沉默系統(tǒng)在抗卵菌病害過(guò)程中具有重要作用,鑒定了48個(gè)大豆新型miRNA并對(duì)它們的特性進(jìn)行了分析,同時(shí)利用基因芯片技術(shù)分析了所有已知植物的miRNA在大豆不同抗性
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