條斑紫菜和壇紫菜SSR標(biāo)記的開發(fā)及其在遺傳多樣性分析中的應(yīng)用.pdf

1、條斑紫菜(Porphyra yezoensis)和壇紫菜(Porphyra haitanensis)作為我國(guó)重要的兩種經(jīng)濟(jì)海藻,不僅具有重要的經(jīng)濟(jì)價(jià)值還有重要的理論研究?jī)r(jià)值,因此了解其遺傳背景對(duì)于擴(kuò)大紫菜的栽培規(guī)模及開展紫菜遺傳育種研究具有一定的指導(dǎo)意義。
　　 本研究采用磁珠富集法構(gòu)建富集文庫(kù)從兩種紫菜基因組中分離含有(GA)n和(CA)n的微衛(wèi)星序列,采用菌落原位雜交和PCR檢測(cè)方法篩選含有微衛(wèi)星DNA的陽(yáng)性克隆。共篩選出6

2、2個(gè)含有微衛(wèi)星DNA的陽(yáng)性克隆,其中條斑紫菜38個(gè),壇紫菜24個(gè),測(cè)序結(jié)果顯示這62個(gè)克隆中有64個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)。在所有測(cè)序得到的微衛(wèi)星DNA中,二堿基和復(fù)合型重復(fù)共有51個(gè),重復(fù)次數(shù)在8-33次不等,其中GA/CT重復(fù)共40個(gè),占64％,三堿基或六堿基重復(fù)有11個(gè)且均為完美型,重復(fù)次數(shù)在4-7次,分別占微衛(wèi)星總數(shù)的83％和17％。進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn),條斑紫菜中含有的微衛(wèi)星motif種類要多于壇紫菜,本次測(cè)序得到的三堿基和六堿基重復(fù)均來(lái)自條斑

3、紫菜,壇紫菜中篩選到的只有二堿基重復(fù);核心重復(fù)次數(shù)在兩種紫菜中沒(méi)有太大差別。
　　 引物設(shè)計(jì)得到38對(duì)rating值高于80的引物,有25對(duì)能夠擴(kuò)增出預(yù)期的單一條帶,其中壇紫菜16對(duì),條斑紫菜9對(duì)。通用性分析表明,有5對(duì)條斑紫菜的引物可以在壇紫菜中擴(kuò)增出目的條帶,9對(duì)壇紫菜的引物可以在條斑紫菜中成功擴(kuò)增,且產(chǎn)物大小符合預(yù)期值,表明兩種紫菜之間的微衛(wèi)星引物具有較好的通用性;且有兩對(duì)通用性引物在兩種紫菜中擴(kuò)增出了不同的位點(diǎn)。

4、　　 利用21對(duì)引物對(duì)11個(gè)壇紫菜純合品系、18對(duì)引物對(duì)4個(gè)不同地理位置(青島團(tuán)島、青島匯泉灣、江蘇連云港和日本)的條斑紫菜進(jìn)行遺傳多樣性分析后,在壇紫菜中最終獲得25個(gè)位點(diǎn),在條斑紫菜中獲得26個(gè)位點(diǎn)。對(duì)壇紫菜的分析結(jié)果顯示,有1對(duì)引物能擴(kuò)增出3個(gè)等位基因(兩個(gè)多態(tài)位點(diǎn)),另有2對(duì)分別在4個(gè)和5個(gè)樣品中擴(kuò)增出了雜合條帶,即四個(gè)等位基因;對(duì)條斑紫菜分析結(jié)果顯示有6對(duì)引物在所有樣品中均擴(kuò)增出兩個(gè)等位基因,其中有1個(gè)多態(tài)性位點(diǎn),其余12對(duì)