分子標(biāo)記開發(fā)及其在水稻病原微生物和煙草中的應(yīng)用.pdf

1、利用已知的17種植物、4種水稻病原微生物的的全基因組序列和水稻病原CDS序列及254種植物的EST序列，進(jìn)行生物信息比對，新開發(fā)了植物和水稻病原相關(guān)的分子標(biāo)記，并在水稻相關(guān)病原微生物和煙草中應(yīng)用，獲得如下結(jié)果。
　　1.新的分子標(biāo)記開發(fā)。新開發(fā)了植物SSR標(biāo)記8，599，096個，IP標(biāo)記12，32，445個，PIP標(biāo)記2，326，806個;水稻白葉枯病菌和水稻細(xì)菌性條斑病菌全基因組關(guān)聯(lián)標(biāo)記862個;預(yù)測了煙草20，607，973

2、個SNP位點信息。
　　2.禾本科植物中SSR分布特點。SSR在其全基因組上均勻分布，各元件（基因區(qū)域，外顯子區(qū)域，內(nèi)含子區(qū)域，UTR區(qū)域）中均存在，分布與重組呈正相關(guān)。SSR中的GC含量高于其他物種，編碼序列含量更高。這在一定程度上利于編碼序列的穩(wěn)定。
　　3.植物中IP的分布特點及與SSR的關(guān)聯(lián)。在植物基因組上，IP分布廣而相對均勻。IP和SSR的重疊率很低，二者聯(lián)合應(yīng)用在基因組上的覆蓋率可以高達(dá)18.55％(擬南芥)，

3、且均勻分布，交替出現(xiàn)。將其聯(lián)合使用可以有效提高單位區(qū)段內(nèi)標(biāo)記的密度和覆蓋率。
　　4.煙草中SNP的分布特點。SNP廣泛分布在其基因組上。10個品種間的SNP結(jié)果表明，堿基轉(zhuǎn)換的比例(59.22％)遠(yuǎn)遠(yuǎn)大于堿基顛換的比例(40.78％)，這表明在其進(jìn)化過程中，顛換所承受的選擇壓較高。
　　5.水稻相關(guān)病原鑒定標(biāo)記開發(fā)及使用。細(xì)菌性條斑病和白葉枯病的病基因組序列相似性高達(dá)90％，新開發(fā)的全基因組關(guān)聯(lián)的顯性和共顯性標(biāo)記，可對兩種

4、病原微生物進(jìn)行較好的區(qū)分和鑒定。其中，PCR結(jié)果極為顯著的引物可達(dá)52.5％。
　　6.新構(gòu)建了四個數(shù)據(jù)庫。將研究數(shù)據(jù)收集、整理，利用MySQL，PHP和HTML:一是構(gòu)建了植物IP和SSR聯(lián)合標(biāo)記數(shù)據(jù)庫(PSID，http://biodb.sdau.edu.cn/psid/home.html);二是禾本科微衛(wèi)星標(biāo)記數(shù)據(jù)庫(Pssrd，http://biodb.sdau.edu.cn/pssrd/index.html);三是水稻兩