基于全基因組重測序技術對太湖豬分子種質特性的研究.pdf

1、太湖豬是中國著名的地方豬品種，具有獨特的種質特性，主要表現(xiàn)在高繁殖性能，以及肉質好、耐粗飼等，特別是其繁殖性能，享譽世界，因此太湖豬被譽為我國“國寶”，并受到了國內外養(yǎng)豬生產者和遺傳育種研究者們高度關注。然而太湖豬特有種質特性的遺傳機制目前并不清楚，相關的研究也比較少，其中也包括重要表型種質特征和高繁生產性能的功能基因、或基因組區(qū)域等方面都有待進一步的解析和驗證。
　　本研究應用全基因組重測序技術對4個組別的豬品種群體進行了測定分

2、析，即無血緣關系的12頭太湖豬(6頭二花臉豬和6頭楓涇豬)、12頭杜洛克豬、12頭長白豬、以及12頭其他中國地方豬種（6頭滇南小耳豬和6頭藏豬），獲得了測序深度達10X，有效數據總量為119Gb的全基因組重測序數據。經過與豬參考基因組序列(Sus scrofa10.2.75)的對比分析，共獲得2100萬多個SNPs和260萬余個InDels變異信息，發(fā)現(xiàn)其中的2511464個SNP和362974個InDel是太湖豬獨有的變異。對4個測定

3、組之間的基因組變異信息進行比對分析，該方法采用的選擇窗口大小為100 kb，滑動步長為50 kb的滑動窗口，應用雜合度和群體固定指數等參數進行了選擇性清除的研究，獲得了與太湖豬種質特性相關的候選基因360個。經過GO富集分析和KEGG通路分析，發(fā)現(xiàn)了這些基因主要涉及到繁殖過程、牙齒發(fā)育、油脂代謝、膠原蛋白代謝以及神經發(fā)育負調節(jié)等生物過程以及卵巢類固醇生成代謝通路，特別值得關注的是發(fā)現(xiàn)了太湖豬高繁殖性能相關的重要功能基因，如BMP R1