基于全基因組重測序技術(shù)對(duì)太湖豬分子種質(zhì)特性的研究.pdf

1、太湖豬是中國著名的地方豬品種，具有獨(dú)特的種質(zhì)特性，主要表現(xiàn)在高繁殖性能，以及肉質(zhì)好、耐粗飼等，特別是其繁殖性能，享譽(yù)世界，因此太湖豬被譽(yù)為我國“國寶”，并受到了國內(nèi)外養(yǎng)豬生產(chǎn)者和遺傳育種研究者們高度關(guān)注。然而太湖豬特有種質(zhì)特性的遺傳機(jī)制目前并不清楚，相關(guān)的研究也比較少，其中也包括重要表型種質(zhì)特征和高繁生產(chǎn)性能的功能基因、或基因組區(qū)域等方面都有待進(jìn)一步的解析和驗(yàn)證。
　　本研究應(yīng)用全基因組重測序技術(shù)對(duì)4個(gè)組別的豬品種群體進(jìn)行了測定分

2、析，即無血緣關(guān)系的12頭太湖豬(6頭二花臉豬和6頭楓涇豬)、12頭杜洛克豬、12頭長白豬、以及12頭其他中國地方豬種（6頭滇南小耳豬和6頭藏豬），獲得了測序深度達(dá)10X，有效數(shù)據(jù)總量為119Gb的全基因組重測序數(shù)據(jù)。經(jīng)過與豬參考基因組序列(Sus scrofa10.2.75)的對(duì)比分析，共獲得2100萬多個(gè)SNPs和260萬余個(gè)InDels變異信息，發(fā)現(xiàn)其中的2511464個(gè)SNP和362974個(gè)InDel是太湖豬獨(dú)有的變異。對(duì)4個(gè)測定

3、組之間的基因組變異信息進(jìn)行比對(duì)分析，該方法采用的選擇窗口大小為100 kb，滑動(dòng)步長為50 kb的滑動(dòng)窗口，應(yīng)用雜合度和群體固定指數(shù)等參數(shù)進(jìn)行了選擇性清除的研究，獲得了與太湖豬種質(zhì)特性相關(guān)的候選基因360個(gè)。經(jīng)過GO富集分析和KEGG通路分析，發(fā)現(xiàn)了這些基因主要涉及到繁殖過程、牙齒發(fā)育、油脂代謝、膠原蛋白代謝以及神經(jīng)發(fā)育負(fù)調(diào)節(jié)等生物過程以及卵巢類固醇生成代謝通路，特別值得關(guān)注的是發(fā)現(xiàn)了太湖豬高繁殖性能相關(guān)的重要功能基因，如BMP R1