蛋白質(zhì)晶體學(xué)中的直接法研究.pdf

1、OASIS程序?qū)⒅苯臃ㄅc常用的蛋白質(zhì)晶體學(xué)方法相結(jié)合，用于推演蛋白質(zhì)晶體的衍射相位，已經(jīng)證明非常有效。本文吏進(jìn)一步從理論、應(yīng)用和自動(dòng)化三個(gè)方面，發(fā)展了OASIS的方法和程序。
　　 1.OASIS程序破解單波長(zhǎng)反常衍射(SAD)相位模糊問題的一個(gè)關(guān)鍵，在于：將SAD相位的雙峰概率分布表示為中心值在φh″+|△φh|和φh″-|△φh|的兩個(gè)高斯概率分布之和。利用直接法中的Cochran概率可以求出△φh取正號(hào)時(shí)的概率P+。因此S

2、AD相位模糊可以通過P+乘以中心在φh″+|△φh|的高斯分布以及P-(=1-P+)乘以中心在φh″-|△φh|的高斯分布來破解。這種破解相位模糊的方法已經(jīng)證明是行之有效的，特別是在反常散射信號(hào)微弱的情況下。但是將相位概率分布表達(dá)為兩個(gè)高斯分布的和會(huì)帶來一些不可忽略的誤差。本文利用vonMises分布代替高斯分布來擬合SAD相位的雙峰概率分布，使擬合的精度大為提高，從而顯著地增強(qiáng)了OASIS推演SAD相位的能力。
　　 2.本文

3、提出了一種新的、結(jié)合SAD/SIR迭代與MR迭代的結(jié)構(gòu)模型完善化方案。在OASIS程序中含有兩種利用雙空間迭代以擴(kuò)展部分結(jié)構(gòu)的功能。第一種是利用單波長(zhǎng)反常衍射(SAD)或單對(duì)同晶置換(SIR)信息和部分結(jié)構(gòu)模型的迭代；另一種是只利用部分結(jié)構(gòu)模型的“分子置換法模型”迭代(MR迭代)。一般來說，SAD/SIR迭代更為有效，因?yàn)樗玫膶?shí)驗(yàn)信息吏多。因此，若衍射數(shù)據(jù)中含有SAD/SIR信息，就會(huì)使用SAD/SIR迭代；若衍射數(shù)據(jù)中刁含SAD/