豬胎盤發(fā)育后期基因表達芯片數據的統(tǒng)計學及生物信息學分析.pdf

1、后基因組時代，表達譜基因芯片技術被廣泛應用。表達譜基因芯片的實驗技術的研究已經成熟，而尋找差異表達基因的統(tǒng)計學方法和表達譜芯片數據的生物信息學分析方法雖然有一定的發(fā)展，但是還存在很多的不足。本研究以豬胎盤發(fā)育后期表達譜基因芯片數據為研究對象，采用了方差分析法和貝葉斯法兩種方法進行了差異表達基因的篩選，并利用芯片數據進行了基因注釋，聚類分析，Pathway分析。本研究的主要結果如下：
　　 1.運用方差分析法對豬胎盤發(fā)育后期差異表

2、達基因進行了篩選。其中，胎盤發(fā)育75天的二花臉豬(E75)和大白豬(L75)中篩選到胎盤差異表達基因90個，二花臉豬相對大白豬上調表達的有35個，下調表達的有55個；胎盤發(fā)育90天的二花臉(E90)和大白豬(L90)中篩選到差異表達基因319個，二花臉豬相對大白豬上調表達的有135個，下調表達的有184個。
　　 2.運用貝葉斯方法對豬胎盤發(fā)育后期差異表達基因進行了篩選。E75和L75中篩選到差異表達基因271個，二花臉豬相對大

3、白豬上調表達的有108個，下調表達的有163個；E90和L90中篩選到差異表達基因538個，其中二花臉豬相對大白豬上調表達的有256個，下調表達的有282個。
　　 3.對兩種統(tǒng)計方法進行了比較研究。將E75和L75組中使用方差分析法篩選到的90個差異表達基因和使用貝葉斯方法篩選到的271個基因進行比較發(fā)現(xiàn)，兩種方法都包含的基因有61個。將E90和L90組中使用方差分析法篩選到的319個差異表達基因和使用貝葉斯方法篩選到的538

4、個基因比較發(fā)現(xiàn)，兩種方法都包含的基因有247個。
　　 4.差異表達的基因按照分子功能進行分類的結果顯示，E75和L75組中，主要的類別有細胞生理過程(58.6％)，細胞通信(22.5％)，信號轉導(20％)，發(fā)育(16.7％)，以及器官生理過程(16.7％)。E90 and L90組中，主要的類別有細胞通信(21.6％)，信號轉導(19.2％)，發(fā)育16.1％)，器官生理過程(14.1％)，以及生物多聚體修飾(10.2％)。<

5、br>　　 5.聚類分析結果顯示不同的發(fā)育時期先聚，然后不同的品種再聚。而基因則分成6個具有相似表達模式的類別。
　　 6.挑選了9個基因對兩種分析方法(方差法和貝葉斯法)進行了Q-PCR驗證。其中，方差分析法分析結果中有8個基因(ALDH1A1，DIO3，DIRAS3，PON2，ASCL2，WIF1，VEGF，DCN)具有顯著性，SLC38a4沒有顯著性；貝葉斯方法分析結果中有6個基因(ALDH1A1，DIO3，DIRAS3