基于RNA-Seq數(shù)據(jù)的心肌病相關(guān)基因標(biāo)志物識別及功能分析.pdf

1、心血管疾病一直都是威脅全人類健康的復(fù)雜疾病，而心肌病在心血管疾病的發(fā)病中占據(jù)了重要的位置，并且有著逐年上升的趨勢。心肌病又分為繼發(fā)性心肌病與原發(fā)性心肌病，繼發(fā)性心肌病的病因多數(shù)已經(jīng)清楚，而原發(fā)性心肌病的病因迄今為止尚未明確。本文所研究的擴(kuò)張型心肌?。―ilated cardiomyopathy,DCM）和限制型心肌病（Restrictive cardiomyopathy,RCM）都屬于原發(fā)性心肌病。其中，DCM的發(fā)病率占心肌病的發(fā)病率8

2、0％以上，并且心肌病患者中有58.3％死于該病。RCM發(fā)病率雖然僅占心肌病發(fā)病率的4.5%，然而它是原發(fā)性心肌病中最嚴(yán)重的一種類型，并且其預(yù)后性很差。因此，對于這兩類心肌疾病發(fā)生發(fā)展機(jī)制的研究工作刻不容緩。
　　轉(zhuǎn)錄組作為連接基因組遺傳信息與蛋白質(zhì)組生物功能的紐帶，相比于基因組，它更具備時間性和空間性，因此被廣泛地應(yīng)用于醫(yī)學(xué)、病理學(xué)和藥學(xué)等相關(guān)領(lǐng)域。隨著二代測序技術(shù)成本的降低，使得轉(zhuǎn)錄組測序被大規(guī)模地應(yīng)用于生物學(xué)與醫(yī)學(xué)研究中。本文

3、通過對DCM和RCM的RNA-Seq數(shù)據(jù)進(jìn)行挖掘，旨在對這兩類原發(fā)性心肌疾病的發(fā)生發(fā)展機(jī)制進(jìn)行研究和探索，為兩類心肌病的精確診斷、及時控制以及治療預(yù)后等提供一些新思路。
　　本文的主要研究內(nèi)容如下：
　?。?）采用標(biāo)準(zhǔn)化的RNA-Seq數(shù)據(jù)處理方法，包括質(zhì)量控制（FastQC）、參考序列比對（Tophat）、計數(shù)數(shù)據(jù)的轉(zhuǎn)換（HTSeq）、歸一化(EDASeq)和差異表達(dá)（DESeq），篩選和識別出分別與DCM、RCM相關(guān)的差

4、異表達(dá)基因。對于DCM，篩選出451個相關(guān)的差異表達(dá)基因；對于RCM，篩選出1326個相關(guān)的差異表達(dá)基因。
　?。?）分別用DCM和RCM相關(guān)的差異表達(dá)基因構(gòu)建共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)。通過對共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)作網(wǎng)絡(luò)特征分析，找出與疾病相關(guān)的關(guān)鍵節(jié)點基因，即疾病可能的基因標(biāo)志物。對每種疾病的基因標(biāo)志物進(jìn)行生物功能分析，并對其在疾病發(fā)生發(fā)展中的作用進(jìn)行闡釋。
　　（3）從生物功能和信號通路的角度，對DCM和RCM的基因標(biāo)志物進(jìn)行比較，為從分子層面上