基于RNA-seq技術(shù)的直腸癌肝轉(zhuǎn)移預(yù)警基因的研究.pdf

1、目的：研究異時(shí)性肝轉(zhuǎn)移（Heterochrony Hepatic Metastasis，HHM）組與無肝轉(zhuǎn)移（Non-Metastasis，NM）組直腸癌原發(fā)腫瘤組織的轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異，鑒定與直腸癌異時(shí)性肝轉(zhuǎn)移發(fā)生相關(guān)的預(yù)警基因。
　　方法：分別選取異時(shí)性肝轉(zhuǎn)移和無肝轉(zhuǎn)移直腸癌患者6例，共12例，其中10例（HHM組5例和NM組5例）用于測(cè)序分析，2例（HHM患者1例，NM患者1例）用于定量驗(yàn)證。采用RNA-seq技術(shù)，分別檢測(cè)兩組直

2、腸癌原發(fā)腫瘤組織的全轉(zhuǎn)錄組表達(dá)水平，利用泊松分布數(shù)理統(tǒng)計(jì)模型篩選兩組患者中具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的差異表達(dá)基因（Differentially Expressed Genes,DEGs）；然后應(yīng)用生物信息學(xué)方法（GO分析和K EGG通路富集分析），進(jìn)一步篩選出具有生物學(xué)意義的DEGs；最后應(yīng)用qRT-PCR對(duì)測(cè)序結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證分析，最終確定與直腸癌異時(shí)性肝轉(zhuǎn)移可能相關(guān)的預(yù)警基因。
　　結(jié)果：在測(cè)序患者腫瘤組織中，RNA-seq共篩選出直腸癌異

3、時(shí)性肝轉(zhuǎn)移相關(guān)候選基因93個(gè)，其中上調(diào)基因26個(gè)，下調(diào)基因67個(gè)；生物信息學(xué)分析提示，EMT或EMT相關(guān)分子事件，細(xì)胞遷移、移動(dòng)和定位等生物進(jìn)程可能與直腸癌肝轉(zhuǎn)移的發(fā)生相關(guān)；細(xì)胞吞噬體（Phagosome）和黏著斑（Focal adhesion）介導(dǎo)的信號(hào)通路以及TGF-β信號(hào)通路的改變可能是接到直腸癌肝轉(zhuǎn)移的細(xì)胞網(wǎng)絡(luò)互作事件；結(jié)合RNA-seq、GO和KEGG分析顯示，SPP1、PDGFB、FSTL3、MME、MMP3、VANGL2、

4、CTNNA2、SMOC1、LEFTY1、SMAD9、REG1A、REG3A、REG1B可能是直腸癌異時(shí)性肝轉(zhuǎn)移最具代表性的預(yù)警基因，其中RE G基因家族在HHM組和N M組直腸癌原發(fā)腫瘤組織中的表達(dá)水平差異最明顯（p值分別為REG1A：3.08×10-5；REG1B：0.00322；REG3A：0.0127），REG1A、REG1B、REG3A在肝轉(zhuǎn)移直腸癌原發(fā)灶腫瘤組織中幾乎不表達(dá)。
　　結(jié)論：直腸癌原發(fā)灶腫瘤組織中REG基因家