lncRNA與轉(zhuǎn)錄因子關(guān)聯(lián)關(guān)系分析及調(diào)控網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建.pdf

1、隨著新一代測序技術(shù)的發(fā)展，人們發(fā)現(xiàn)在真核生物基因組中并不是所有的RNA都能編碼蛋白質(zhì)，其中大部分基因轉(zhuǎn)錄生成的RNA都不能編碼蛋白質(zhì)，這些RNA稱為非編碼RNA。其中一種新興的非編碼RNA是長鏈非編碼RNA（long non-coding RNA，lncRNA），它們長度大于200nt，并且有和編碼蛋白基因幾乎一樣多的數(shù)目。近年來，人們發(fā)現(xiàn)lncRNA在真核生物體內(nèi)有著多種多樣的生物學(xué)功能，它們能夠以多種方式參與基因的表達(dá)調(diào)控。lncR

2、NA也是由DNA序列按照堿基互補配對規(guī)則轉(zhuǎn)錄生成的，在轉(zhuǎn)錄過程中也會受到轉(zhuǎn)錄因子的調(diào)控作用。在先前的研究中，人們往往只針對轉(zhuǎn)錄因子對編碼蛋白基因的調(diào)控作用，而不了解轉(zhuǎn)錄因子對lncRNA基因的調(diào)控作用。
　　在本課題中，我們首先研究了不同細(xì)胞系中l(wèi)ncRNA基因和編碼蛋白基因的表達(dá)情況。我們又基于SVM模型，利用H3K4me1、H3K4me2、H3K4me3、H3K9ac、H3K27ac以及H3K27me3這六種組蛋白修飾來分析l

3、ncRNA基因和編碼蛋白基因的啟動子。最后，基于混合樸素貝葉斯方法，利用轉(zhuǎn)錄因子PWM得分、DNaseI footprint數(shù)據(jù)、六種組蛋白修飾數(shù)據(jù)，我們構(gòu)建了貝葉斯分類模型預(yù)測轉(zhuǎn)錄因子對lncRNA基因的調(diào)控。
　　我們發(fā)現(xiàn)lncRNA基因的表達(dá)量以及表達(dá)比例普遍比編碼蛋白基因的低，這說明在真核生物中細(xì)胞系還是主要表達(dá)編碼蛋白基因，同時也說明lncRNA基因比編碼蛋白基因具有更高的組織特異性和細(xì)胞特異性。我們還發(fā)現(xiàn)，lncRNA