心肌梗死與心室重構(gòu)中miRNA和轉(zhuǎn)錄因子共調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析.pdf

1、心肌梗死是當(dāng)今社會中引發(fā)死亡的重要因素，因此開發(fā)新的治療方法是臨床和研究心肌梗死的重要目標。心肌梗死涉及到的相關(guān)基因和過程眾多，其中的調(diào)控關(guān)系也很復(fù)雜。本文中，基于基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的方法對心肌梗死中的基因調(diào)控模式進行了綜合分析。首先，從多個資源如：PubMed、CADgene、GWAS、HMDDand miR2disease收集了與心肌梗死相關(guān)的基因和miRNA。其次，預(yù)測了人類所有轉(zhuǎn)錄因子、心肌梗死相關(guān)的miRNA及基因間的調(diào)控關(guān)系。轉(zhuǎn)錄

2、因子對心肌梗死相關(guān)的miRNA和基因的調(diào)控，從UCSC（hg18）獲得了預(yù)測的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點以及從TRANSFAC和ChIP-seq數(shù)據(jù)獲得了轉(zhuǎn)錄因子驗證的靶基因。通過整合兩個miRNA靶基因預(yù)測軟件TargetScan和miRanda的結(jié)果，得到了miRNA預(yù)測的靶基因，并整合miR2Disease、miRTarBase、miRecords和TarBase四個數(shù)據(jù)庫收集的實驗驗證的miRNA靶基因，獲得了心肌梗死相關(guān)miRNA的靶基

3、因。最后，使用上述調(diào)控關(guān)系構(gòu)建了心肌梗死特異的miRNA-轉(zhuǎn)錄因子共調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。該網(wǎng)絡(luò)共包含了2382個前饋環(huán)，其中包含1424（59.8％）個轉(zhuǎn)錄因子為主的前饋環(huán)，815（34.2％）個miRNA為主的前饋環(huán)，143（6％）個組成型的前饋環(huán)。為了研究與心肌復(fù)蘇相關(guān)的調(diào)控子，還構(gòu)建了心肌梗死后相關(guān)的子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。通過心肌梗死和心肌梗死后miRNA-TF共調(diào)控網(wǎng)絡(luò)間的對比，發(fā)現(xiàn)3個基因（VEGFA,PTENand PRKCE），3個miRNA

4、s（miR-1,miR-21-5p,and miR-26b-5p）和5個轉(zhuǎn)錄因子（EGR1,JUN,MAZ,SP1and YY1）同時存在于兩個網(wǎng)絡(luò)中。認為這些共同的基因可能在心肌梗死的發(fā)生和心肌梗死后的心臟重塑過程中發(fā)揮重要功能。NFAT和心肌肥大信號通路是心肌梗死相關(guān)基因中富集的通路之一，參與該通路的重要miRNA被鑒定。最后，對重要的miRNA、轉(zhuǎn)錄因子和靶基因參與的信號通路構(gòu)建了一個模型。認為，miR-1在心肌梗死發(fā)展過程中發(fā)揮