胃癌基因芯片的差異表達(dá)基因研究.pdf

1、目的：基因芯片是近二十年分子生物學(xué)領(lǐng)域發(fā)展起來(lái)的革命性技術(shù)之一,隨著表達(dá)譜芯片技術(shù)的成熟,產(chǎn)生了大量的基因芯片及海量的生物學(xué)信息。如何利用眾多實(shí)驗(yàn)室的基因芯片數(shù)據(jù)及從這些紛繁的基因表達(dá)數(shù)據(jù)中讀懂其中蘊(yùn)含的生物學(xué)意義是生物學(xué)工作者的挑戰(zhàn)與目標(biāo)。
　　胃癌是世界性普遍的腫瘤之一，其在全球癌癥發(fā)病率中排名第四，致死率排名第二。然而，人們對(duì)于胃癌的發(fā)病機(jī)制仍然不是十分清楚，對(duì)胃癌的生物學(xué)，遺傳學(xué)和分子機(jī)制更好的理解將有助于我們發(fā)現(xiàn)治療這種

2、疾病的新的方法。本研究利用基因芯片數(shù)據(jù)，通過(guò)生物學(xué)軟件對(duì)基因芯片數(shù)據(jù)予以分析和研究，探索胃癌發(fā)病的分子機(jī)制。
　　方法：從GEO下載GSE29272和GSE19826兩組基因芯片數(shù)據(jù)，各組芯片數(shù)據(jù)均分為 T（胃癌組織）和 N（癌旁組織）2組。分別導(dǎo)入GeneSpring GX11.5軟件進(jìn)行基因芯片數(shù)據(jù)分析，篩選差異表達(dá)基因。再使用Venny在線分析軟件得到GSE29272和GSE19826兩者的共同上調(diào)基因及共同下調(diào)基因。通過(guò)D

3、avid軟件，對(duì)胃癌的差異表達(dá)基因進(jìn)行基因本體論及信號(hào)通路富集分析，結(jié)合文獻(xiàn)資料分析研究這些基因及信號(hào)通路等的功能及其在胃癌發(fā)生、發(fā)展中的作用。最后釆用Real-time PCR技術(shù)對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行驗(yàn)證。
　　結(jié)果：利用基因芯片數(shù)據(jù)篩選到差異表達(dá)基因91個(gè),其中56個(gè)基因的表達(dá)顯著上調(diào),35個(gè)基因的表達(dá)顯著下調(diào)(差異均在2倍以上)?；虮倔w論分析結(jié)果主要包括：細(xì)胞外基質(zhì)組成、細(xì)胞粘附、血管發(fā)育、膠原蛋白代謝等。信號(hào)通路富集分析結(jié)