FAM46A,EBF1和PTPN22基因多態(tài)性與河南漢族肺結(jié)核相關(guān)性分析.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、研究背景和目的:
  肺結(jié)核(Pulmonary tuberculosis,PTB)是結(jié)核分枝桿菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)感染而引起的一種傳染病,其感染率和致死率均較高,嚴(yán)重威脅了人類的健康。據(jù)統(tǒng)計,全球目前約有20億人感染結(jié)核分枝桿菌,其中1/10的人發(fā)展為活動性結(jié)核。WHO的統(tǒng)計數(shù)據(jù)表明,全球有22個結(jié)核病高負(fù)擔(dān)國家,我國是其中之一,結(jié)核病死亡率在各種死因中位列第9。
  肺結(jié)核的

2、發(fā)病機制非常復(fù)雜,除了受病原體毒力和環(huán)境因素的影響外,其發(fā)生還與宿主遺傳基因有關(guān)。肺結(jié)核的遺傳易患性由多種基因決定,而且因種族和地域的差異有所區(qū)別,所以臨床上應(yīng)針對不同的群體制定預(yù)防、診斷和治療方案。因此,篩選不同地域和人群的肺結(jié)核易感基因,并探索其發(fā)病的分子機制,將為制定有針對性的預(yù)防、診斷和治療方案提供理論依據(jù)和參考數(shù)據(jù)。
  近年來,隨著人類基因組學(xué)和蛋白組學(xué)的發(fā)展,已經(jīng)發(fā)現(xiàn)有多種基因與肺結(jié)核的易感性相關(guān)。
  200

3、2年,Lagali,P.S等人首次發(fā)現(xiàn)位于染色體6q14.1的FAM46A基因,其編碼序列第2外顯子處存在一個VNTR序列。2014年,Godfrey Essien Etokebe等人發(fā)現(xiàn),F(xiàn)AM46A基因與在克羅地亞人群肺結(jié)核易感性相關(guān),并認(rèn)為 VNTR可以參與調(diào)控形態(tài)發(fā)育,基因轉(zhuǎn)錄以及蛋白質(zhì)的功能等生物過程,但在其他人群中未見相關(guān)報道。
  早期B細胞因子1(EBF1)基因位于染色體5q34,是編碼B細胞特異性因子,2012年

4、,Eileen Png等人研究發(fā)現(xiàn),EBF1基因rs10515787位點多態(tài)性與印第安人群的肺結(jié)核易感性相關(guān),由于機體對結(jié)核分枝桿菌產(chǎn)生的免疫反應(yīng)主要與 T淋巴細胞有關(guān),所以作者推斷該基因不僅參與 B細胞免疫,而且通過 NOTCH信號傳導(dǎo)在 T細胞定向分化中亦扮演著非常重要的角色,影響宿主對胞內(nèi)菌感染產(chǎn)生的免疫反應(yīng),但這一論點缺少更多的實驗支持,Eileen Png的研究結(jié)果是種族遺傳差異還是普遍現(xiàn)象?在中國人群中是否也存在這一發(fā)病機制

5、?有待進一步的研究。
  多項研究表明,蛋白酪氨酸磷酸酶非受體型22基因(PTPN22)與多種免疫性疾病有關(guān)。該基因定位于1號染色體短臂1區(qū)3帶,編碼蛋白酪氨酸磷酸酶(Lyp), LYP可以抑制T細胞活化,限制T細胞活化的信號通路,引起相關(guān)疾病。近年來,有學(xué)者發(fā)現(xiàn)PTPN22基因rs2488457位點與I型糖尿病、自發(fā)性蕁麻疹等免疫性疾病有關(guān)。2009年,Lamsyah等研究發(fā)現(xiàn)PTPN22基因rs33996649位點與摩洛哥人群

6、肺結(jié)核的易感性有關(guān)。那么PTPN22基因rs2488457位點是否與肺結(jié)核的易感性相關(guān)?PTPN22基因 rs33996649位點是否與中國漢族人群肺結(jié)核的發(fā)生有關(guān)?這還有待進一步的研究。
  本次實驗選取FAM46A基因的VNTR位點,EBF1基因的rs10515787位點及PTPN22基因rs2488457和rs33996649位點,通過分析這四個位點多態(tài)性與河南漢族人群肺結(jié)核易感性的相關(guān)性,探索以上幾個位點是否具有種族和地域

7、的差異,為制定有效的PTB預(yù)防、診斷和治療方法提供一定的參考和理論依據(jù)。
  研究對象:
  病例組:收集200例來自河南安陽和新鄉(xiāng)傳染病醫(yī)院的初診肺結(jié)核患者的血液標(biāo)本,年齡范圍在20-56之間,平均年齡為38.9±17.6歲,其中男性受試者146人,女性受試者54人,肺結(jié)核的診斷標(biāo)準(zhǔn)與2008年我國衛(wèi)生部制定的WS288-2008診斷標(biāo)準(zhǔn)一致。排除其它免疫性疾病感染,如糖尿病、HIV感染等,以及使用免疫抑制劑的患者。

8、>  對照組:隨機選取200名同期體檢的健康個體,年齡范圍在20-52歲之間,平均年齡為36.0±15.7歲,其中男性受試者178人,女性受試者22人,排除標(biāo)準(zhǔn)同病例組。
  所有病例組和對照組的研究對象均來自河南地區(qū),研究對象之間無血緣關(guān)系。以上所有受檢個體均得到本人或監(jiān)護人知情同意。
  研究方法:
  抽取研究對象2ml的外周血,酚-氯仿法提取基因組DNA。STR-PCR方法擴增FAM46A基因VNTR位點,擴增

9、片段用2.0%的瓊脂糖凝膠電泳檢測,然后用毛細管電泳(CE)檢測其多態(tài)性,并分別用其重復(fù)次數(shù)來命名VNTR的等位基因類型。PCR擴增 EBF1基因 rs10515787, PTPN22基因 rs2488457和rs33996649等位點,擴增片段用2.0%的瓊脂糖凝膠一并進行電泳檢測,然后分別經(jīng)過TasⅠ、SacⅠ和MspⅠ限制性內(nèi)切酶酶切,并分別用2.0%、3.5%和2.0%的瓊脂糖凝膠電泳對酶切片段進行基因型檢測,紫外分析凝膠成像系

10、統(tǒng)觀察并記錄。
  統(tǒng)計學(xué)處理:
  使用SPSS17.0統(tǒng)計軟件分析實驗數(shù)據(jù)(檢驗水準(zhǔn):α=0.05),并根據(jù)運行結(jié)果,以O(shè)R值及95%置信區(qū)間來評估基因突變對肺結(jié)核發(fā)生的相對風(fēng)險度。各位點對照組均使用HWE1.20軟件進行Hardy-Weinberg檢測,評估所選資料的人群代表性。運用MDR Software程序包(版本0.6.1)分析基因-基因間的交互作用。
  結(jié)果:
  1、對照組中,所檢測的四個基因位

11、點的基因型頻率均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05),具有較好的人群代表性。
  2、FAM46A基因VNTR檢測出4種等位基因,分別為1、2、3、4;檢測到9種基因型,分別為1/1、1/2、2/2、1/3、2/3、3/3、2/4、3/4、4/4。相對風(fēng)險估計顯示2/2基因型與河南漢族肺結(jié)核的易感性呈正相關(guān),2/3基因型與肺結(jié)核的易感性呈負(fù)相關(guān)。
  3、EBF1基因rs10515787位點,在患者組和對照組

12、之間,等位基因和基因型頻率的差異均具有統(tǒng)計學(xué)意義(P<0.05),AA基因型以及A等位基因是肺結(jié)核的發(fā)病危險因子。
  4、PTPN22基因rs2488457位點GC基因型頻率在兩組之間的差異具有統(tǒng)計學(xué)意義(P<0.05),相對風(fēng)險估計顯示與河南漢族肺結(jié)核的易感性呈負(fù)相關(guān)。
  5、在河南漢族人群中未發(fā)現(xiàn)PTPN22基因rs33996649位點多態(tài)性,對所有受試個體的檢測結(jié)果全部為CC基因型。
  6、EBF1基因rs

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