HuMiTar：microRNA靶點預(yù)測的新算法.pdf

1、為了得到一個給定microRNA(簡稱為miRNA或miR)的靶點,通常采用的方法包括基于序列的方法(如PicTar,TargetScanS)和基于基因表達譜的方法(如GenMiR++)。大部分涉及搜索miRNA靶點的文獻都需要一個種子(miRNA的位置2至8)。但有分歧的是,研究人員有的需要一個嚴(yán)格的種子(即在位置2-8完全互補性而且不允許G:U出現(xiàn)),有的允許相對松弛的種子(即有6個堿基對是互補的,而且在位置2-8允許G:U出現(xiàn))。

2、基于嚴(yán)格的種子,出現(xiàn)了幾種搜索miRNA靶點的權(quán)威的算法(如PicTar和TargetScanS),它們也是所謂基于種子的方法。由于這些算法的靈敏度比較低,因此,許多靶點未被發(fā)現(xiàn)。舉例來說,無論是PicTar還是TargetScanS都無法在基因Septin7上找到miR-21的靶點。因此,開發(fā)一種新型的,具有高靈敏度和低錯誤率的,基于種子的算法來搜索miRNA的靶點仍是有益的。為簡單起見,在本文中我們只考慮嚴(yán)格的種子。我們的目標(biāo)是在說

3、明如何用一個好辦法來把靶點和非靶點的互補力表現(xiàn)分離的越遠越好。本文中還引入了2D編碼方法,以取代流行的自由能算法,從而在保留生物學(xué)意義的條件下降低了計算復(fù)雜性。這種基于嚴(yán)格的種子和編碼的方法我們命名為HuMiTar。HuMiTar在三個數(shù)據(jù)集上比TargetScanS和PicTar具有較高的靈敏度。在沒有考慮保守性的情況下,對基準(zhǔn)集(39215條3’UTR序列)HuMiTar的信噪比(SNR)峰值是2.7:1。此外,HuMiTar的計算