基于串聯(lián)質(zhì)譜數(shù)據(jù)的蛋白質(zhì)-基因組學方法研究.pdf

1、隨著質(zhì)譜技術(shù)的發(fā)展，誕生了一門新的學科:蛋白質(zhì)-基因組學。它是蛋白質(zhì)組和基因組相交互的研究領(lǐng)域。通過基因組學和轉(zhuǎn)錄組學提供的信息，定制新的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫，再用這些蛋白數(shù)據(jù)庫去檢索質(zhì)譜數(shù)據(jù)，從而鑒定全新的肽段。反過來，串聯(lián)質(zhì)譜得到蛋白質(zhì)組的數(shù)據(jù)，可以提供蛋白質(zhì)層面上的基因表達證據(jù)，從而進一步完善基因模型。
　　本文針對基于串聯(lián)質(zhì)譜的蛋白質(zhì)-基因組學的熱點研究進行了分析與研究，通過建立蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫鑒定新肽段，并應用該方法研究了三

2、個生物問題。文章的主要貢獻為:
　　(1)提出了迭代式的蛋白質(zhì)-基因組學研究流程。每一次實驗都利用前次實驗的結(jié)果作為輸入，并加以過濾，同時本次實驗的結(jié)果可以作為后續(xù)實驗的部分數(shù)據(jù)源。本方法能將實驗分成多個步驟，細化任務，把復雜問題簡單化;能在每一步實驗后較靈活地修正研究方向，使研究問題較快地收斂;對要尋找的特定突變類型具有較高的敏感性。
　　(2)設計了多個突變蛋白質(zhì)序列建庫算法。本文針對具體生物學問題設計了多個模擬突變蛋白

3、質(zhì)序列的算法，并具有多種輸入接口，便于進行迭代研究流程。算法能夠無縫地進行預實驗和驗證實驗。
　　(3)研究了蛋白質(zhì)翻譯過程中的提前終止。本工作通過對前人實驗結(jié)果的總結(jié)，提出了提前終止翻譯蛋白質(zhì)的假說，利用迭代式的蛋白質(zhì)-基因組學研究流程進行實驗分析，否定了實驗假說，最終驗證了蛋白質(zhì)在溶液中酶切的現(xiàn)象。
　　(4)驗證了基因上游開放閱讀框。本工作對uORF問題進行了分析，提出了模擬建立uORF翻譯后序列的算法，通過與前人Ri