基于液相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用技術(shù)的肝癌糖蛋白質(zhì)組學的研究.pdf

1、第一部分原發(fā)性肝細胞癌患者和健康對照者血清標本的收集
　　目的:收集原發(fā)性肝癌患者及健康對照組血清標本，用于后續(xù)糖蛋白組學研究。
　　研究方法:于2012年3月至2012年8月之間，在復旦大學附屬中山醫(yī)院消化科及介入科病房及門診，收集患者及對照組的外周血標本，制備成血清保存。同時登記患者的個人基本信息及臨床信息。
　　結(jié)果:共收集到104份血清標本。包括肝癌患者及健康對照組血清各52例;男性共54例，女性共50例;標本

2、制備成血清保存。同時設(shè)計并填寫《個人基本信息表》和《個人臨床信息表》。
　　結(jié)論:本部分中規(guī)范收集了原發(fā)性肝癌及健康對照組的血清標本以及臨床資料。完善的個人信息及臨床資料有利于研究的后續(xù)驗證工作。
　　第二部分血清蛋白分離、富集及液相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用技術(shù)(LC-MS/MS)分析
　　目的:使用蛋白組學技術(shù)，分析肝癌患者及健康對照者血清標本中的糖蛋白。
　　方法:血清標本經(jīng)過去除高豐度蛋白、糖蛋白富集以及胰酶和糖苷酶

3、酶解之后，使用LC-MS/MS對其進行分析。
　　結(jié)果:本實驗中高豐度蛋白的去除及糖蛋白富集效率較高，效果可靠。LC-MS/MS分析得到的譜圖清晰，顯示樣本無污染。
　　結(jié)論:本實驗系統(tǒng)性地提供了一個定量鑒定血清糖蛋白及糖基化位點的方法，得到的質(zhì)譜圖可用于進一步的生物信息學分析，尋找兩組之間差異表達的糖蛋白。
　　第三部分原發(fā)性肝細胞癌患者與健康對照者血清差異糖蛋白組的生物信息學分析
　　目的:尋找原發(fā)性肝癌患者

4、及健康對照者血清差異表達的糖蛋白及糖基化位點。
　　方法:將LC-MS/MS分析得到的數(shù)據(jù)在MaxQuant IPI數(shù)據(jù)庫中搜索以鑒定糖蛋白和糖基化位點;將糖肽序列在CBS數(shù)據(jù)庫進行糖基化位點預測，并與實際檢測到的N-糖基化位點相比較，以明確實驗的可靠性。對鑒定到的糖蛋白進行基因本體(GO)分析分析。
　　結(jié)果:本部分中共鑒定出152個糖基化位點和54種糖蛋白。糖基化位點的數(shù)據(jù)庫預測結(jié)果與實驗結(jié)果基本相符，提示實驗方法學可靠