基于BioNano圖譜的基因組結(jié)構(gòu)變異檢測(cè)方法研究和應(yīng)用.pdf

1、學(xué)校代碼：10270分類號(hào)：O213學(xué)號(hào)：142502462碩士專業(yè)學(xué)位論文基于BioNano圖譜的基因組結(jié)構(gòu)變異檢測(cè)方法研究和應(yīng)用專業(yè)學(xué)位類別：應(yīng)用統(tǒng)計(jì)碩士專業(yè)學(xué)位專業(yè)領(lǐng)域：應(yīng)用統(tǒng)計(jì)作者姓名：李淑禎指導(dǎo)教師：岳榮先答辯日期：2016年5月30日I論文題目：基于BioNano圖譜的基因組結(jié)構(gòu)變異檢測(cè)方法研究和應(yīng)用學(xué)科專業(yè)：應(yīng)用統(tǒng)計(jì)學(xué)位申請(qǐng)人：李淑禎指導(dǎo)教師：岳榮先摘要基因組結(jié)構(gòu)變異（SVs）是遺傳多態(tài)性的重要組成部分，也是一些疾病發(fā)生的

2、重要原因。隨著生物技術(shù)的提高，對(duì)于全基因組結(jié)構(gòu)變異的檢測(cè)與分析成為可能，這對(duì)生物學(xué)和醫(yī)學(xué)產(chǎn)生了深遠(yuǎn)的影響。在理想的情況下，人們希望在核苷酸水平上完整地記錄一個(gè)采樣基因組，再與參考序列進(jìn)行比對(duì)從而更加精確地檢測(cè)結(jié)構(gòu)變異。盡管我們現(xiàn)在完成了一些物種基因組的參考序列的檢測(cè)，但是由于實(shí)驗(yàn)設(shè)備、實(shí)驗(yàn)環(huán)境、項(xiàng)目經(jīng)費(fèi)等各種原因，這一想法仍然不能實(shí)現(xiàn)。為了應(yīng)對(duì)這些挑戰(zhàn)，我們采用了高通量、高性價(jià)比的基因組BioNano光學(xué)圖譜技術(shù)，使用長單分子（大于15

3、0KB）來全面揭示基因組的結(jié)構(gòu)變異。對(duì)于小的生物（如微生物）的基因組，光學(xué)圖譜的使用已經(jīng)是非常普遍的了。而對(duì)于大型生物（如哺乳動(dòng)物）的基因組，光學(xué)圖譜的使用也在飛速發(fā)展。然而，這一發(fā)展，提出了重要的新的計(jì)算問題和統(tǒng)計(jì)問題。參考基因組與取樣基因組相比較，兩者的不同可能就是變異，但也有可能是數(shù)據(jù)本身的問題。在本篇論文中，我們探討了在大基因組的背景下，利用光學(xué)圖譜數(shù)據(jù)所產(chǎn)生的統(tǒng)計(jì)問題。特別地，我們強(qiáng)調(diào)突出了在光學(xué)圖譜數(shù)據(jù)中的誤差并對(duì)其進(jìn)行模型