豬IFIT2-5基因的克隆、序列分析及表達.pdf

1、IFIT家族也稱ISG56家族，是一類干擾素誘導基因，在進化上高度保守，包括IFIT1（也稱ISG56）、IFIT2（也稱ISG54）、IFIT3（也稱ISG60）和IFIT5（也稱ISG58）4個成員。該家族成員成簇定位在同一染色體上，各個基因都包含2個外顯子和1個內(nèi)含子。在干擾素、病毒、脂多糖等條件的刺激下，該家族基因高效表達。其表達的蛋白主要作用于翻譯的起始、病毒的復制、Ⅰ型于擾素的反饋調節(jié)、細胞的遷移和增殖等。本研究首次克隆了豬

2、IFIT2和IFIT5基因的完整編碼區(qū)，并對IFIT2和IFIT5的外顯子2進行了多態(tài)位點鑒定和群體遺傳學分析，采用Real-time PCR技術構建了豬IFIT2和IFIT5的組織表達譜，通過構建報告基因缺失載體和生物信息學方法對豬IFIT2的啟動子進行活性分析，同時進行了豬IFIT2/5抗病分子機制的初步研究。得到的主要結果如下:
　　 1.豬IFIT2基因編碼區(qū)（Coding sequence，CDS)全長為1407 bp

3、，包含2個外顯子，其中CDS區(qū)的前5個核苷酸位于外顯子1上，其余在外顯子2上，共編碼468個氨基酸。豬IFIT2基因cDNA序列已提交到GenBank上(GenBank accession No.JX070559)。
　　 2.豬IFIT5基因CDS區(qū)全長為1449 bp，包含2個外顯子，其中CDS區(qū)的前5個核苷酸位于外顯子1上，其余在外顯子2上，共編碼482個氨基酸。豬IFIT5基因cDNA序列已提交到GenBank上(Gen

4、Bank accession No.JX280459)。
　　 3.豬IFIT2基因外顯子2上檢測到5個單核苷酸多態(tài)位點(Single nucleotidepolymorphisms，SNPs)，分別是c.259G＞A、c.520T＞G、c.571C＞T、c.879A＞G和c.889A＞G。其中4個是錯義突變，引起多肽鏈上p.Gly87Ser、p.Phe174Val、p.Pro191Ser和p.A la297Thr替代。運用生物

5、信息學分析發(fā)現(xiàn)c.259G＞A(p.Gly87Ser)和c.520T＞G(p.Phe174Val)可能會影響蛋白的結構功能。
　　 4.豬IFIT5基因外顯子2上檢測到1個SNP(c.462A＞G)，為非錯義突變。
　　 5.豬IFIT2和IFIT5在1月齡民豬的心、肝、脾、肺、腎、胃、大腸、小腸、膀胱、腿肌和淋巴組織中均表達，但表達量存在著差異。其中，IFIT2在脾、肝和心臟中的表達量高于其他組織;IFIT5在肝、心和

6、小腸中表達量較高。
　　 6.豬IFIT2啟動子的最小活性區(qū)位于-162～-126 bp;-1838～-1759 bp和-389～-310 bp存在著負調控元件;-1661～-1579 bp、-310～-225 bp和-225～-162 bp存在著正調控元件。生物信息學分析發(fā)現(xiàn)ISRE結合因子、NF-kappaB、Delta EF1、c-Re1和Id3可能是調控IFIT2基因表達的重要轉錄因子。
　　 7.豬IFIT2和