基因芯片的數(shù)據(jù)分析以及其在神經(jīng)生物學(xué)研究中的應(yīng)用.pdf

1、中國科學(xué)院上海生命科學(xué)研究院碩士學(xué)位論文基因芯片的數(shù)據(jù)分析以及其在神經(jīng)生物學(xué)研究中的應(yīng)用姓名：謝松旻申請學(xué)位級別：碩士專業(yè)：生物化學(xué)與分子生物學(xué)指導(dǎo)教師：金剛20060625中科院l：海生命科學(xué)研究院碩lj學(xué)位論文關(guān)鍵詞：基因：芯片注釋方法數(shù)據(jù)分析數(shù)掘整合第二部分利JIj基于自身【織神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)圖譜的技術(shù)來可視化人規(guī)模芯片數(shù)據(jù)由于基因芯片技術(shù)的普及和提高改進(jìn)，成本的下降，基因芯片實驗所使用到的芯片數(shù)量也成倍增長。因此，隨著更多的大規(guī)模生物芯

2、片實驗，導(dǎo)致了海量的數(shù)據(jù)的生成。數(shù)據(jù)的大容量和高維數(shù)都使傳統(tǒng)方法在復(fù)雜數(shù)據(jù)的分析上遇到了挑戰(zhàn)。本文在自組織神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)圖譜的技術(shù)上，針對大規(guī)?；鶎盒酒瑪?shù)據(jù)提出了一種新的數(shù)據(jù)可視化方法。該方法的基本原理是首先利用組成分平面，一種二維網(wǎng)格，來展示每個樣本相關(guān)的基因芯片數(shù)據(jù)，然后將這些組成分平面根據(jù)樣本之問的關(guān)系來排列在同一個圖譜中。該方法能在同時在單個圖譜同時展示樣本和基岡之問的關(guān)系，能展示樣本類別和基因的相關(guān)花式(pattern)。本文利用

3、該方法分析了正常人類組織的基因芯片數(shù)據(jù)和白血病樣本基因：芭：片數(shù)據(jù)，結(jié)果表明該方法能方便的展示大規(guī)模的：簽片數(shù)據(jù)，適合于快速了解數(shù)據(jù)的結(jié)構(gòu)特性，從而為后續(xù)的數(shù)學(xué)建模分析提供依據(jù)。關(guān)鍵詞；基因芯片SOM白組織神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)圖譜神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)第三部分利用基岡心100，I|l’研究Nurrl基閃對，I腦多巴胺神經(jīng)元的發(fā)育機(jī)理Nurrl在中腦多巴胺神經(jīng)元的發(fā)育中起到了天鍵的作用。在Nurrl基因敲除小鼠中發(fā)現(xiàn)，DAIj『體細(xì)胞不能iI：常遷移到正確的f訌置

4、，不能支配靶點Ix域，同時只能暫時表達(dá)DA細(xì)胞標(biāo)記。為了解釋Nurrl足如何引起這止鳥表型變化的，我們利剛甚岡芯片研究了牲1人】敲除小鼠IlJ腑DA細(xì)胞的齄岡表達(dá)狀態(tài)。通過肇岡心fW廳I數(shù)捌分析，鑒定出了20個在Nurrl敲除小敝‘f1差異表達(dá)的毖W，并用定量PCR驗證了其c扣部分基【犬J在芯片中表達(dá)結(jié)果。這廿唔幕l州包含有軸突生長村j火堆W，維IJ酸代謝璉I大J，和其他肇因。這螳堆【人J的功能與觀察到的璉閃敲除小鼠的表型是棚符合的。洲