非編碼RNA結(jié)構(gòu)預測研究.pdf

1、非編碼RNA具有十分重要的生物學功能,研究它們的三級結(jié)構(gòu)具有重要意義。構(gòu)建或預測非編碼RNA的三級結(jié)構(gòu)是近年來研究的熱點問題之一,已經(jīng)取得了很大的進展,但是仍然局限于簡單拓撲和短RNA分子。因此,預測非編碼RNA三級結(jié)構(gòu)仍然是一個還沒有解決的問題,特別是對長序列和復雜拓撲的RNA分子。針對上述問題,本文在系統(tǒng)分析非編碼RNA結(jié)構(gòu)預測相關工作的基礎上,提出了一種新的RNA三級結(jié)構(gòu)預測方法,其對長序列和復雜拓撲RNA分子的預測精度高于現(xiàn)有方

2、法。
　　本文的主要內(nèi)容如下:
　　1、RNA分子三級結(jié)構(gòu)預測方法研究。本文提出了基于RNA序列和二級結(jié)構(gòu)信息,利用模塊識別和片段結(jié)構(gòu)自動化拼接RNA三級結(jié)構(gòu)的方法,并提供了RNA三級結(jié)構(gòu)預測在線服務供相關研究人員進行RNA結(jié)構(gòu)建模。
　　2、與RNA分子三級結(jié)構(gòu)預測方法相關的問題的研究,包括:
　　(1)天然與預測的RNA分子二級結(jié)構(gòu)比較。RNA的二級結(jié)構(gòu)是其形成三級結(jié)構(gòu)的基礎和前提條件,本文對現(xiàn)有主流的RNA

3、二級結(jié)構(gòu)預測方法進行了詳細地比較統(tǒng)計研究,分析了現(xiàn)有主流二級結(jié)構(gòu)預測算法中的存在問題及其原因。
　　(2)RNA分子三級結(jié)構(gòu)模塊特征分析。穩(wěn)定的RNA三級結(jié)構(gòu)模塊是形成較大或復雜RNA結(jié)構(gòu)的基礎,其三級結(jié)構(gòu)必須需要適當?shù)娜壗Y(jié)構(gòu)相互作用才能形成穩(wěn)定結(jié)構(gòu),本文對常見的helix-loop-helix型結(jié)構(gòu)功能模塊穩(wěn)定性及其動力學特征進行了詳細地分析,指出了其可能的結(jié)合模型與機制。
　　(3)RNA2D3D預測方法改進。大多數(shù)R