蛋白-蛋白對(duì)接方法的發(fā)展及與實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)結(jié)合的應(yīng)用.pdf

1、研究蛋白復(fù)合物結(jié)構(gòu)對(duì)理解蛋白功能非常重要,用計(jì)算的方法來進(jìn)行蛋白-蛋白對(duì)接是對(duì)實(shí)驗(yàn)測(cè)定復(fù)合物結(jié)構(gòu)的重要補(bǔ)充。基于快速傅立葉變換的蛋白-蛋白對(duì)接方法是一個(gè)廣泛應(yīng)用的對(duì)接技術(shù),它能夠快速的對(duì)復(fù)合物中配體相對(duì)于受體的旋轉(zhuǎn)和平移空間進(jìn)行全局搜索。我們對(duì)現(xiàn)有的基于快速傅立葉變換的對(duì)接方法進(jìn)行了改進(jìn)。首先,根據(jù)對(duì)誘餌集合的統(tǒng)計(jì)分析,給出了更為適合對(duì)接的參數(shù)。然后我們修改了在配體每個(gè)旋轉(zhuǎn)方向上保留構(gòu)象的策略,避免保留的構(gòu)象過于相似。對(duì)測(cè)試集合中的蛋白

2、對(duì)接結(jié)果表明,相比原來的FTDOCK程序,我們的方法提高了對(duì)接成功率和平均近天然構(gòu)象數(shù)。然后,我們將HADDOCK中用到的模糊的相互作用約束變成一個(gè)簡(jiǎn)單的打分函數(shù),根據(jù)模擬的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)對(duì)上一步保留的構(gòu)象進(jìn)行重新打分,使對(duì)接結(jié)果有進(jìn)一步改進(jìn)。另外,我們還用我們的方法對(duì)HADDOCK中提供的三個(gè)有實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的復(fù)合物進(jìn)行了對(duì)接,結(jié)果表明用基于傅立葉變換的蛋白-蛋白對(duì)接方法和實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)結(jié)合可以給出比較可靠的對(duì)接結(jié)果。
　　 在第三章中,我們用