應(yīng)用下一代測(cè)序技術(shù)檢測(cè)分析鼻咽癌易感性相關(guān)單核苷酸多態(tài)性.pdf

1、目的：腫瘤為多基因遺傳疾病，鼻咽癌(nasopharyngeal carcinoma, NPC)是高發(fā)于中國南部及東亞地區(qū)的頭頸部腫瘤，其發(fā)生發(fā)展與基因密切相關(guān)。單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism, SNP)是繼限制性片段長度多態(tài)性和微衛(wèi)星多態(tài)性之后成立的第三代遺傳標(biāo)記物，其研究有助于了解疾病發(fā)病機(jī)理、診斷、個(gè)體治療及疾病易感性。下一代測(cè)序技術(shù)(next-generation sequencin

2、g technology, NGS)是能一次性對(duì)幾十萬到幾百萬條基因分子進(jìn)行序列測(cè)定的新型高通量測(cè)序技術(shù)，較聚合酶鏈反應(yīng)(polymerase chain reaction, PCR)、探針雜交等傳統(tǒng)基因檢測(cè)技術(shù)更加簡(jiǎn)便快捷。因此，本課題設(shè)計(jì)應(yīng)用NGS技術(shù)檢測(cè)分析NPC易感性相關(guān)SNP，以期得出NPC易感性相關(guān)SNP，從而為NPC早期預(yù)防早期篩查提供依據(jù)。
　　方法：通過檢索PubMed、Web of Science和SD英文數(shù)據(jù)

3、庫，檢索年限至2014年4月，全面收集有關(guān)東亞人群NPC易感性相關(guān)SNP的病例對(duì)照研究，合并相同基因相同SNP報(bào)道的文章進(jìn)行Meta分析，剔除不足2篇報(bào)道及陰性結(jié)果的SNP，得出具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的SNP。然后我們收集40例2014年6-7月就診于廣東藥學(xué)院附屬第一醫(yī)院腫瘤科經(jīng)病理確診為鼻咽癌的患者的外周靜脈血標(biāo)本，同時(shí)收集40例同期同醫(yī)院體檢中心體檢正常人群的外周靜脈血標(biāo)本，針對(duì)上述具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的SNP設(shè)計(jì)病例對(duì)照研究，基因提取、擴(kuò)增、

4、高通量?jī)x檢測(cè)分析80例樣本的上述SNP位點(diǎn)情況。
　　結(jié)果：經(jīng)數(shù)據(jù)庫搜索、Meta分析得出15個(gè) NPC易感性相關(guān)的顯著位點(diǎn)：TP53(rs1042522, C>G)、GSTM1(+/DEL)、IL-10(rs1800896, A>G)、GABBR1(rs2076483, T>C)、MDM2(rs2279744, T>G)、miR-146a(rs2910164, C>G)、MDS1-EVI1(rs6774494, G>A)、XPC

5、(rs2228000, C>T)、GABBR1(rs29232, G>A)、HCG9(rs3869062, A>G)、HLA-F(rs3129055, T>C)、HCG9(rs16896923, T>C)、MMP2(rs243865, C>T)、SPLUNC1(rs2752903, T>C)、SPLUNC1(rs750064, A>G)；其中miR-146a(rs2910164, C>G)、HCG9(rs3869062, A>G)、HC

6、G9(rs16896923, T>C)、MMP2(rs243865, C>T)、GABBR1(rs2076483, T>C)、TP53(rs1042522, C>G)這6個(gè)SNP位點(diǎn)突變可降低NPC患病風(fēng)險(xiǎn)， 其余9個(gè)SNP位點(diǎn)突變可增加NPC患病風(fēng)險(xiǎn)。再針對(duì)這15個(gè)位點(diǎn)進(jìn)行病例對(duì)照研究，實(shí)驗(yàn)得出：HCG9(rs3869062,A>G)基因型AG與AA基因型相比，明顯增加鼻咽癌的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)；GABBR1(rs29232,G>A)