基于約束的方法查找細胞周期網(wǎng)絡的骨干模體.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、隨著生命基因組學和蛋白質(zhì)組學研究的發(fā)展,人類對生物大分子的研究理論進入了系統(tǒng)生物學的研究水平,即從原來的基因序列測序工作轉變?yōu)閷εc整個系統(tǒng)相互關聯(lián)的一系列生命活動進行研究。在生物分子網(wǎng)絡中抽取其所隱含的有效信息--如系統(tǒng)結構組織原理,系統(tǒng)功能結構單位,網(wǎng)絡特殊性質(zhì)規(guī)律等--是當前系統(tǒng)生物科學研究工作所面臨的重大挑戰(zhàn)之一。
  Wang Guanyu等人提出了一種骨干模體查找算法,來研究基因調(diào)控網(wǎng)絡的動力學特性。算法采用布爾網(wǎng)絡模型

2、作為網(wǎng)絡動力學模型,結合網(wǎng)絡狀態(tài)時間過程數(shù)據(jù)建立方程組,并運用代數(shù)解析方法求解方程組得到可行解集合,最后從中搜索出符合實際網(wǎng)絡結構的骨干模體。算法中存在一個問題,在求解網(wǎng)絡骨干模體過程中,可行解網(wǎng)絡集合空間特別大,從而使得骨干模體的搜索空間很大,效率較低。
  在深刻理解問題的基礎上,本文對這個算法進行了改進,利用增加條件約束的方法縮小可行解網(wǎng)絡集合空間并在其中進行引導性的搜索,提高了骨干模體查找的效率。實驗在芽殖酵母和裂殖酵母的

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