基于本地化的日本血吸蟲序列分析平臺的構(gòu)建及信號轉(zhuǎn)導分子的篩選.pdf

1、日本血吸蟲病仍然是我國重點防治的傳染病之一，日本血吸蟲基因組計劃對于疫苗研制、新藥物開發(fā)以及揭示血吸蟲與宿主相互作用的分子機制均具有重要的意義。自1994年WHO正式啟動血吸蟲基因組計劃以來，人們在cDNA文庫、EST、序列分析、基因差異表達的研究、基因組文庫和基因組圖譜、血吸蟲數(shù)據(jù)庫管理等多方面取得了重要進展。最近，我國在日本血吸蟲功能基因組和蛋白質(zhì)組的工作取得了階段性重大成果，2006年5月17日，上海市生命科學與生物技術(shù)數(shù)據(jù)中心向

2、全世界公布了由我國自主測序的日本血吸蟲基因組工作框架圖，共計300多萬條的DNA序列。目前關于龐大血吸蟲數(shù)據(jù)庫已創(chuàng)建并已公開發(fā)布，因此，從中快速挖掘有用信息，應用于血吸蟲病的免疫診斷、疫苗研發(fā)和新藥靶點篩選等已成為可能。為此，本課題組在前期工作基礎上，開展了本項研究工作，為充分利用寶貴的血吸蟲基因組數(shù)據(jù)資源提有用的技術(shù)手段。 [目的]：構(gòu)建本地化的基本生物信息學序列分析平臺，并在此基礎上，建立同本血吸蟲序列相關分析系統(tǒng)，實現(xiàn)大規(guī)

3、模、自動化地對龐大日本血吸蟲相關數(shù)據(jù)進行處理，并運用同源比對的思想，篩選日本血吸蟲信號轉(zhuǎn)導分子，為日本血吸蟲與宿主相互作用的相關信號分子的識別和鑒定提供生物信息學上的指導。 [方法]：基于工作站和Linux操作系統(tǒng)，利用公開的日本血吸蟲或相關資源，收集有關生物信息學序列分析工具，并自行編寫相關程序，采用軟件包裝復用技術(shù)實現(xiàn)多種資源的有機整合，用以完成特定的任務，同時對中間的生成的一些結(jié)果建立數(shù)據(jù)庫，便于對結(jié)果進行檢索。另外，通過

4、與人類，小鼠，大鼠信號轉(zhuǎn)導分子進行相似性的檢索，初步篩選日本血吸蟲信號轉(zhuǎn)導分子。 [結(jié)果]：構(gòu)建了本地化的基本生物信息學序列分析平臺，在此基礎上搭建了日本血吸蟲自動序列分析系統(tǒng)，包括日本血吸蟲EST序列的電子延伸系統(tǒng)、基于日本血吸蟲EST數(shù)據(jù)庫的同源全長cDNA序列檢索系統(tǒng)，序列自動注釋系統(tǒng)及GO分類系統(tǒng)。在此過程中建立了日本血吸蟲EST的載體污染數(shù)據(jù)庫，重復序列屏蔽數(shù)據(jù)庫等。通過對日本血吸蟲信號轉(zhuǎn)導分子的篩選，共得到了3653