基于RRBS技術(shù)的卵巢癌細(xì)胞系T29H的甲基化譜研究.pdf

1、溫州醫(yī)學(xué)院碩士學(xué)位論文論文題目：基王墅塑墨撞丕的亙＆篡疸細(xì)照丕12窆H的里基化譜硒壅答辯委員會(huì)主席：笪筮鑫塾拯(逝江太堂生金型堂堂醫(yī)醫(yī)筮2答辯委員會(huì)成員：送瞳塾援(量趔醫(yī)堂醫(yī)附屬8睦塑光醫(yī)瞳2魚塹盛嬰塞旦(逞趔醫(yī)堂醫(yī)基因組醫(yī)堂硒痘醫(yī)2論文答辯日期：2Q1315122溫州醫(yī)學(xué)院碩士學(xué)位論文基于RRBS技術(shù)的卵巢癌細(xì)胞系T29H的甲基化譜研究中文摘要背景：破壞RAS，RB和p53信號(hào)通路并且激活人端粒逆轉(zhuǎn)錄酶hTERT是在卵巢癌中經(jīng)常發(fā)生的

2、現(xiàn)象，然而他們具體的致病機(jī)理還不清楚。我們研究的卵巢癌T29和T29H細(xì)胞系，用SV40largeT抗原基因的轉(zhuǎn)染破壞了p53和RB通路并激活了hTERT從而使正常卵巢上皮細(xì)胞形成了永生化但是沒有完全轉(zhuǎn)化癌變的T29細(xì)胞系，并通過進(jìn)～步的導(dǎo)入了H—ras2——一個(gè)在V12位點(diǎn)發(fā)生突變的H—ras突變基因，在永生系T29基礎(chǔ)上形成了完全轉(zhuǎn)化癌變的T29H細(xì)胞系。目的：在此研究中，我們使用性價(jià)比最合適的ReducedRepresentati

3、onBisulfiteSequencing(RRBS)方法對(duì)永生的T29細(xì)胞細(xì)胞系和惡變的T291細(xì)胞系進(jìn)行甲基化譜測序，配合數(shù)字基因表達(dá)譜(DigitalGeneExpression，DGE)等其他實(shí)驗(yàn)方法試圖展示卵巢細(xì)胞系T29T29H惡變前后的表觀遺傳學(xué)上的變化，并為揭示卵巢惡變的形成提供一些線索。方法：本研究以細(xì)胞系T29和T29H的甲基化譜RRBS測序數(shù)據(jù)為主要分析材料，首先對(duì)測序原始數(shù)據(jù)進(jìn)行過濾處理，然后將過濾后得到的高質(zhì)量

4、cleanreads通過SOAP2比對(duì)軟件比對(duì)到參考基因組和參考基因上，比對(duì)的結(jié)果用于后續(xù)的分析：采用T兩(TranscriptPerMillioncleantags)法計(jì)算基因表達(dá)量：采用Cytoscape的插件ClueGO中基于Kappa統(tǒng)計(jì)的聚類算法的KEGGpathway分析對(duì)差異甲基化區(qū)間(DifferentiallyMethylatedRegion，DMR)在基因啟動(dòng)子區(qū)的基因及其表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行KEGGpathway富集性聚類

5、綜合分析。結(jié)果：我們發(fā)現(xiàn)在這～轉(zhuǎn)染變化導(dǎo)致惡變后，在T29細(xì)胞系轉(zhuǎn)化為T29H細(xì)胞系的過程中，兩個(gè)細(xì)胞系的甲基化譜也發(fā)生了顯著且全面的變化。配合兩個(gè)細(xì)胞系的基因表達(dá)數(shù)據(jù)，通過采用基于Kappa統(tǒng)計(jì)的pathway聚類分析等手段，我們篩選到了Inositolphosphatemetabolism、OGlycanbiosynthesis和NGlycanbiosynthesis等與能量代謝相關(guān)的pathway變化顯著且符合瓦博格效應(yīng)，并找到了