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文檔簡介
1、甜橙(Citrus sinensis)所在的柑橘屬(Citrus L)共有幾十個物種。隨著甜橙基因組草圖的完成,越來越多的柑橘屬基因組序列被測定,如克里曼丁(C.clemetina)、蠔殼刺(Severinia buxifolia)、枸櫞(C.medica)、宜昌橙(C.ichangenisis)、晚白柚(Citrus maxima)等。這些工作對于推進柑橘屬基因組的比較基因組學、功能基因組學和進化基因組學研究有重要作用。通過比較基因組
2、學分析,找到一些物種中的特異基因,將有助于理解柑橘屬種間差異以及相關特異性狀產(chǎn)生的方式;對柑橘屬不同物種及其近緣物種間特異基因的進化和功能等研究,可為揭示柑橘屬不同物種間表型和適應性差異的分子基礎提供依據(jù)。在這個基礎上,為了進一步從生物信息學的角度探索柑橘特異基因的物種特異性,本論文主要包括三個方面內容:柑橘特異蛋白編碼基因的鑒定及特征分析;柑橘特異蛋白編碼基因的起源研究;柑橘特異miRNA的起源研究。主要結果如下:
(1)柑
3、橘特異蛋白編碼基因的鑒定及特征分析。通過比較基因組學的分析方法,結合已經(jīng)測序的41個植物物種基因組數(shù)據(jù)和已公布的EST數(shù)據(jù)庫篩選出柑橘特異基因,在甜橙基因組中鑒定了296個保守柑橘特異基因(CCSG)和1039個甜橙特異蛋白編碼基因(CSG)。相對于柑橘進化保守基因(CEC),它們具有基因序列短,外顯子少,高GC含量,較少轉錄本支持,較少功能注釋結果等特征。
(2)柑橘特異蛋白編碼基因的起源研究。新基因起源的分子機制主要有基因
4、復制(GD)、外顯子重排(EDS)、可移動元件(TE)等。參考這些機制,本文對柑橘特異基因的起源問題進行了初步探索。得到的102對大片段復制(LSG)中分別包含了45個CCSG和162個CSG,猜測其可能的起源方式是GD;得到71個CCSG和119個CSG顯示其產(chǎn)生可能與TE相關;得到1個CCSG和8個CSG顯示經(jīng)歷了EDS事件。
(3)柑橘特異miRNA的起源研究。根據(jù)甜橙全基因組miRNA的鑒定結果及其相應物種特異的38個
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