一株新的HIV-1CRF01_AE-CRF07_BC獨(dú)特重組型毒株的鑒定.pdf

1、HIV-1最重要的特征之一是其具有高度的遺傳多樣性，基因重組在其中扮演了十分重要的角色。全球范圍內(nèi)HIV-1流行重組型和獨(dú)特重組型越來(lái)越多，并在HIV的流行中發(fā)揮著越來(lái)越重要的作用。
　　 本研究選擇了一份來(lái)自于吉林省同性戀HIV感染者的血漿樣本，采用近末端稀釋的方法對(duì)該樣本進(jìn)行近全長(zhǎng)基因組(Near full-length genome，NFLG)擴(kuò)增，電泳鑒定結(jié)果表明成功擴(kuò)增出9.1kb的近全長(zhǎng)基因組片段。獲得的陽(yáng)性PCR產(chǎn)

2、物經(jīng)膠純化后直接進(jìn)行序列測(cè)定，獲得的序列數(shù)據(jù)經(jīng)拼接和清理后，采用MEGA5.05軟件進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)分析，SimPlot3.5.1軟件進(jìn)行重組斷點(diǎn)分析，BioEdit7.0.9.0軟件進(jìn)行序列比對(duì)分析。
　　 重組斷點(diǎn)分析結(jié)果顯示，該序列由CRF01_AE和CRF07_BC重組形成，主要骨架為CRF01 AE，序列中包括4個(gè)重組斷點(diǎn)，相對(duì)于HXB2分別位于4431bp，4739bp，5501bp和5825bp，2個(gè)CRF07 BC

3、片段存在于pol基因和vif-vpr基因區(qū)段，長(zhǎng)度分別為340bp和323bp。
　　 系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)分析結(jié)果顯示，該病毒中的3個(gè)CRF01_AE片段均與來(lái)源于我國(guó)北方主要在MSM人群中流行的CRF01_AE毒株聚集在一起，其Bootstrap值為100％，這一結(jié)果提示CRF01_AE的親本可能來(lái)源于MSM人群，在MSM人群中可能比較容易發(fā)生基因重組。該病毒中的2個(gè)非CRF01_AE片段與CRF07_BC參考毒株集聚在一起，Boot