HIV-1新重組株CRF01_AE-07_BC的鑒定和江蘇省CRF01_AE全長序列的特征分析.pdf

1、目的：人類免疫缺陷病毒(HIV)是引起獲得性免疫缺陷綜合征(AIDS)的病原體，近年來，全球HIV流行范圍越來越廣，病毒亞型種類越來越復(fù)雜。同樣，中國也面臨越來越復(fù)雜的HIV-1遺傳多樣性。在中國，流行的主要亞型包括B亞型、CRFs BC(包括CRF07 BC、CRF08 BC和一些URFs BC)以及CRF01 AE(它們共占所有感染的大約94.9％)。雖然這些亞型在不同的高危人群中所占優(yōu)勢(shì)不同，但是幾乎每種高危人群中都能檢測到所有亞

2、型或流行重組型，這種現(xiàn)象為不同亞型或流行重組型之間發(fā)生重組提供了機(jī)會(huì)。我們最近在江蘇省男同性戀人群(MSM)中發(fā)現(xiàn)B亞型、CRF01 AE和CRFs BC具有幾乎相同的流行比例(＞28.6％)，這表明亞型或流行重組型之間發(fā)生重組的可能性很高。本文試圖在江蘇省高危人群中尋找新的重組型病毒，并且探討其起源。
　　 方法：使用巢式PCR的方法獲得HIV-1的gag-RT、p17、C2V3區(qū)域或基因組全長序列，并對(duì)其進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)生分析或者

3、重組分析。
　　 結(jié)果：我們測定江蘇一組流行病學(xué)相關(guān)的靜脈吸毒人群(IDU)中的HIV-1gag-RT序列，并對(duì)其進(jìn)行重組分析，發(fā)現(xiàn)14份樣品中有13株病毒屬于CRF07 BC，另外一株(命名為07JSNJ001)顯示為CRF01 AE和CRF07 BC重組病毒。測定并分析07JSNJ001近全長基因組序列(GenBank登錄號(hào)FJ238521)顯示，該病毒由10段相互間隔的CRF07 BC和CRF01 AE片段組成，其重組圖譜

4、與國際上已經(jīng)鑒定的重組型均不相同，是一個(gè)全新的HIV-1重組病毒。此外，通過p17和C2V3序列的系統(tǒng)進(jìn)化分析，我們?cè)诮K省無錫市發(fā)現(xiàn)一名感染HIV-1CRF01 AE的男性靜脈吸毒者(命名為07JSWX045)。測定并分析該CRF01 AE病毒的近全長基因組序列(GenBank登錄號(hào)FJ441290)，發(fā)現(xiàn)：(1).07JSWX045在遺傳學(xué)上與江蘇省發(fā)現(xiàn)的CRF01 AE/07 BC重組中的CRF01 AE部分不具有相關(guān)性；(2).

5、07JSWX045在系統(tǒng)發(fā)生上與江蘇省男同性戀人群中流行的CRF01 AE病毒株接近；(3).07JSWX045和參與CRF01/07重組的CRF01 AE親代病毒在系統(tǒng)發(fā)生學(xué)上分別與福建省流行的兩個(gè)CRF01 AE亞群聚類在一起；(4).病人JSWX045沒有接受過任何抗病毒治療，但耐藥分析發(fā)現(xiàn)其HIV-1逆轉(zhuǎn)錄酶基因中有兩個(gè)關(guān)于AZT耐藥的突變，這為研究江蘇省CRF01 AE病毒株的流行起源和分子特性提供了有價(jià)值的生物信息學(xué)位點(diǎn)；(

6、5).病人JSWX045有靜脈吸毒和異性接觸兩種高危行為，這提示他可能通過異性接觸首先感染CRF01_AE，然后通過靜脈吸毒注射將該亞型傳播給其他人。
　　 結(jié)論：本文發(fā)現(xiàn)并鑒定了國際上首例HIV-1 CRF01_AE/07_BC新型重組病毒，并在尋找該病毒起源的過程中發(fā)現(xiàn)江蘇省一名靜脈吸毒者的CRF01_AE病毒。該病毒與CRF01/07的起源無關(guān)，與江蘇省男同性戀人群中流行的CRF01_AE親緣關(guān)系較近。該CRF01_AE病