中國流行HIV-1受體嗜性分析、HIV-1和HCV基因組序列ACA和UAH位點分析及HIV-1熒光實時定量RT-PCR的建立.pdf

1、獲得性免疫缺陷綜合征(AIDS)是由人類免疫缺陷病毒HTV感染導(dǎo)致的嚴(yán)重危害人類生命健康的疾病之一。目前仍未有有效的治療疫苗。本文使用生物信息學(xué)方法對中國流行的HIV-1序列進行了輔助受體嗜性分析,以及對所有的HIV-1序列進行ACA和UAH位點分析,同時也對HCV流行亞型做了ACA和UAH位點分析。另外,本文還對HIV-1熒光實時定量RT-PCR方法的建立進行了初步研究。主要結(jié)果如下:
　　 1.使用R5X4-pred軟件,對

2、中國流行的HIV-1V3序列進行輔助受體預(yù)測分析發(fā)現(xiàn),幾乎所有的C亞型、CRF07_BC和CRF08_BC重組型病毒株都是R5型,B亞型和CRF01_AE重組型中也分別有62.6％和59.1％是R5型,表明R5比X4型更加流行。在不同的流行年份中,R5型始終保持穩(wěn)定的流行趨勢。另外我們也發(fā)現(xiàn)HIV-1的輔助受體嗜性與不同亞型有關(guān),與傳播途徑無關(guān)。進一步分析發(fā)現(xiàn),C亞型、CRF07_BC和CRF08_BC重組型病毒株的V3區(qū)序列比B亞型和

3、CRF01_AE重組型V3區(qū)序列有更好的基因同源性。這些發(fā)現(xiàn)表明CCR5拮抗劑可能為未來中國AIDS治療提供幫助,R5型病毒株對于AIDS疫苗的研究也很有價值。
　　 2.細(xì)菌MazF和PemK分別能特異性剪切單鏈RNA中ACA和UAH位點,具有應(yīng)用于AIDS基因治療的潛在價值。為分析HIV—1和HCV基因組中這2個酶的酶切位點,我們從HIV Databases和HCV Databases下載了HIV-1和HCV各亞型的基因組序

4、列,使用Notepad軟件統(tǒng)計其中ACA位點數(shù)目、UAH位點數(shù)目以及組成UAH的UAC、UAA和UAU位點數(shù)目,并用Excel軟件對它們出現(xiàn)的概率進行比較。發(fā)現(xiàn)除少數(shù)亞型(包括D、F和G)的vpu基因中ACA位點及J亞型的nef基因中UAU位點出現(xiàn)概率較低外,其它HTV-1基因中ACA位點和UAH位點出現(xiàn)概率相差不大,沒有偏高或偏低的異?，F(xiàn)象。在HCV分析中,除1a和1b的p7基因中ACA較低以及1a中NS4A較低外,ACA和UAH位點

5、出現(xiàn)的概率也相差不大。這為MazF和PemK提供了良好的特異性剪切條件。另有研究表明,利用MazEF毒素-抗毒素系統(tǒng)構(gòu)建的方法在體外能有效的剪切HIV-1 RNA上的ACA位點,阻斷蛋白的合成,抑制HIV-1病毒的增殖,達(dá)到治療的目的。我們的結(jié)果表明,各亞型HTV-1和HCV基因組中具有大量MzaF和PemIK的酶切位點,因此,這2個毒素蛋白可以用于AIDS和丙型肝炎的基因治療。
　　 3.對中國流行的所有亞型和重組型HIV毒株