豬心肌和骨骼肌microRNA表達(dá)譜分析與比較.pdf

1、MicroRNA(miRNA)是非編碼小RNA家族的重要成員，長(zhǎng)為22nt左右，它能負(fù)調(diào)控靶基因的表達(dá)。許多證據(jù)都證明了miRNA在肌肉的增殖，分化和發(fā)育的過(guò)程中都起著十分重要的作用。心肌和骨骼?。ㄈ?背最長(zhǎng)肌和腰大肌）同屬橫紋肌，但是它們?cè)谏飩€(gè)體內(nèi)所行使的功能差異卻很大。豬在畜牧生產(chǎn)和醫(yī)學(xué)研究領(lǐng)域都有非常重要的價(jià)值，且心肌與骨骼肌在miRNA表達(dá)譜上的研究報(bào)道都比較少。本研究利用Illumina高通量測(cè)序技術(shù)平臺(tái)構(gòu)建了3只210日齡

2、雌性長(zhǎng)白豬的心肌，背最長(zhǎng)肌和腰大肌三個(gè)組織的小RNA文庫(kù)，得到的結(jié)果如下:
　　1)心肌，背最長(zhǎng)肌和腰大肌三個(gè)文庫(kù)共檢測(cè)得到56 M的原始數(shù)據(jù)，其中高質(zhì)量讀段（high-quality reads）在心肌，背最長(zhǎng)肌和腰大肌分別為20.31 M，15.87 M和17.93 M，這些測(cè)序讀段分別占了原始數(shù)據(jù)的94.12％，95.48％和97.14％;
　　2)三個(gè)文庫(kù)共檢測(cè)得到907個(gè)非冗余的miRNA(unique miRNA

3、s)，其中有441個(gè)為三個(gè)庫(kù)共同表達(dá)，利用IDEG6進(jìn)行差異顯著性檢驗(yàn)，發(fā)現(xiàn)123個(gè)miRNA為三個(gè)文庫(kù)差異表達(dá)的miRNA(P＜10-6);
　　3)利用聚類分析和相關(guān)性分析三個(gè)文庫(kù)差異表達(dá)miRNA的表達(dá)模式，結(jié)果發(fā)現(xiàn):背最長(zhǎng)肌和腰大肌的表達(dá)模式更為接近，而心肌的表達(dá)模式與兩種骨骼肌的表達(dá)模式明顯不同;
　　4)心肌miRNA文庫(kù)表達(dá)量前十的miRNA在背最長(zhǎng)肌和腰大肌文庫(kù)里也同時(shí)高表達(dá)。這10個(gè)高表達(dá)的miRNA中有8

4、個(gè)miRNA為差異表達(dá)的miRNA(miR-143，-378，-1，-133a，-27b，-30e，-101和let-7a)，而其中的6個(gè)miRNA(miR-143，-378，-27b，-30e，-101和let-7a)的表達(dá)量都表現(xiàn)為心肌同時(shí)高于背最長(zhǎng)肌和腰大肌（約1.5倍）;
　　5)對(duì)心肌上調(diào)的6個(gè)miRNA進(jìn)行靶基因預(yù)測(cè)和生物學(xué)功能預(yù)測(cè)（GO和KEGG）發(fā)現(xiàn)這些高表達(dá)的miRNA靶基因主要富集于胰島素信號(hào)通路(n=21，P