四種生態(tài)型蘆葦遺傳多樣性及PcTGD生物信息學(xué)分析.pdf

1、蘆葦 (Phragmites communis Trin．)是一種多年生草本植物，其典型生境為水沼，河流及其周邊地帶．但它可適應(yīng)廣泛甚至高度不良的陸地生態(tài)環(huán)境，并演化出多種生態(tài)型．甘肅河西走廊廣泛分布有蘆葦?shù)乃姆N生態(tài)型，根據(jù)其生境特征分別稱作：水生蘆葦，沙丘蘆葦，輕度鹽甸蘆葦和重度鹽甸蘆葦．長(zhǎng)期以來(lái)針對(duì)四種生態(tài)型蘆葦?shù)闹参锷?、生化及分子生物學(xué)等不同方面已進(jìn)行了大量的研究，本文在前期工作的基礎(chǔ)上利用RAPD和等位酶方法分析了四種生態(tài)型蘆

2、葦?shù)倪z傳多樣性，并用生物信息學(xué)方法對(duì)在沙丘蘆葦根莖中特異表達(dá)的胸腺嘧啶二磷酸葡萄糖脫水酶(PcTGD)進(jìn)行了序列分析和結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)．主要結(jié)果總結(jié)如下： 1、四種生態(tài)型蘆葦?shù)亩鄳B(tài)位點(diǎn)百分率(P)的均值為34.1﹪，平均預(yù)期雜合度(He)為1.31，均高于植物在居群水平上的值，表現(xiàn)出較高的遺傳多樣性．而輕度鹽甸蘆葦和重度鹽甸蘆葦P值在均值之下，水生蘆葦和沙丘蘆葦P值在均值之上，因此推測(cè)輕度鹽甸蘆葦和重度鹽甸蘆葦是從水生蘆葦或沙丘蘆葦中進(jìn)

3、化出去的。 2、遺傳距離的分析表明水生蘆葦和輕度鹽甸蘆葦?shù)倪z傳距離最大，沙丘蘆葦和重度鹽甸蘆葦?shù)倪z傳距離最?。甊APD和等位酶方法對(duì)遺傳距離的分析結(jié)果的差異趨勢(shì)是一致的。 3、種生態(tài)型蘆葦?shù)膬?nèi)繁育系數(shù)(F)均小于0，而同時(shí)又具有一個(gè)較低的外交率，暗示者蘆葦雖然主要以營(yíng)養(yǎng)方式繁殖，但在一個(gè)相對(duì)較長(zhǎng)的時(shí)期，其繁殖方式并不是由無(wú)性的方式所主宰的。 4、沙丘蘆葦胸腺嘧啶二磷酸葡萄糖脫水酶(PcTGD)的序列分析．用Pro

4、tScale進(jìn)行疏水性分析，GOR進(jìn)行二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)．結(jié)果為PcTGD在一級(jí)結(jié)構(gòu)上以親水為主，螺旋、折疊及卷曲所占百分比分別為26.9﹪、23.4﹪和49.7﹪。 5、用PSORT II進(jìn)行亞細(xì)胞定位的分析，多種方式的計(jì)算推測(cè)的結(jié)果均表明PcTGD的亞細(xì)胞分布最大可能是細(xì)胞質(zhì)。 6、用BLASTP在PDB和SwissProt中搜索TGD的同源蛋白質(zhì)，用CLUSTALW進(jìn)行多序列比對(duì)．在MODELLER 中得到預(yù)測(cè)的三級(jí)結(jié)構(gòu)