采用SNP芯片技術(shù)挖掘豬肉系水力相關(guān)基因的初步研究.pdf

1、系水力是影響豬肉品質(zhì)的關(guān)鍵因素，提高系水力是改善豬肉品質(zhì)的有效途徑之一。本研究以168頭杜長(zhǎng)大三元雜種豬為研究對(duì)象，通過(guò)壓力法測(cè)定豬肉失水率以反映豬肉系水力高低。選擇24個(gè)個(gè)體采用Illumina Porcine60K SNP芯片進(jìn)行全基因組分型，通過(guò)關(guān)聯(lián)分析發(fā)掘與失水率性狀相關(guān)的SNP位點(diǎn)。根據(jù)SNP芯片分析結(jié)果，結(jié)合SNP位點(diǎn)信息，選擇位于系水力QTL區(qū)域或潛在相關(guān)功能基因內(nèi)的5個(gè)SNP位點(diǎn)，擴(kuò)大樣本驗(yàn)證候選SNP位點(diǎn)與失水率的相關(guān)

2、性。對(duì)與失水率相關(guān)的SNP位點(diǎn)進(jìn)一步研究不同基因型間基因表達(dá)水平差異，以及基因表達(dá)水平與性狀的相關(guān)性。以此在全基因組范圍發(fā)掘與豬肉系水力相關(guān)的遺傳標(biāo)記或功能基因。主要研究結(jié)果如下:
　　1.采用芯片技術(shù)篩選豬肉失水率相關(guān)SNPs
　　根據(jù)芯片分析結(jié)果，在全基因組范圍共篩選到F值大于3的SNP位點(diǎn)5520個(gè)，其中4239個(gè)SNP位點(diǎn)分別位于豬的18條常染色體上。從總體分布來(lái)看，每條染色體上相關(guān)SNP分布數(shù)量從最少99個(gè)到最多5

3、44個(gè)。SNP分布密度最低的為15號(hào)染色體，為每百萬(wàn)堿基對(duì)0.9個(gè)，最高的為7號(hào)染色體，每百萬(wàn)堿基對(duì)2.9個(gè)。全基因組SNP分布平均密度為每百萬(wàn)堿基對(duì)1.8個(gè)。
　　根據(jù)SNP位點(diǎn)信息，選擇位于系水力QTL區(qū)域或潛在相關(guān)功能基因內(nèi)的5個(gè)候選SNP位點(diǎn)作進(jìn)一步研究。其中3個(gè)SNP位于2號(hào)染色體QTL區(qū)域內(nèi)的KCNN2、FBN2、ARHGAP26基因內(nèi)，2個(gè)SNP位于13號(hào)染色體潛在相關(guān)功能基因MUC4、ITGA-9內(nèi)。
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4、.候選SNP位點(diǎn)與失水率相關(guān)分析
　　擴(kuò)大檢驗(yàn)樣本，采用PCR-SSCP和AS-PCR技術(shù)對(duì)5個(gè)候選SNP位點(diǎn)進(jìn)行分型，在大群體中分析候選SNP位點(diǎn)與失水率的相關(guān)。結(jié)果表明，KCNN2、MUC4基因SNP位點(diǎn)3種基因型之間失水率無(wú)顯著差異(p＞0.05);FBN2基因SNP位點(diǎn)兩種純合子間無(wú)差異，但雜合子AG型失水率顯著高于AA型(p＜0.05); ARHGAP26和ITGA-9基因SNP位點(diǎn)兩種純合子間失水率差異顯著，其中ARH

5、GAP26基因GG型失水率顯著低于AA型(p＜0.05); ITGA-9基因CC型失水率顯著低于TT型失水率(p＜0.05)。
　　3.ARHGAP26和ITGA-9基因SNP與mRNA水平及失水率相關(guān)分析
　　對(duì)ARHGAP26和ITGA-9基因SNP與背最長(zhǎng)肌中基因表達(dá)水平做進(jìn)一步分析，結(jié)果表明，AHGAP26基因GG型mRNA表達(dá)水平顯著高于AG型和AA型(p＜0.05);ITGA-9基因CC型表達(dá)水平顯著低于CT和T