鯉免疫相關(guān)基因的挖掘及芯片構(gòu)建.pdf

1、隨著水產(chǎn)養(yǎng)殖密度不斷增大,病害的侵襲已經(jīng)嚴(yán)重制約的水產(chǎn)養(yǎng)殖也的健康發(fā)展,因此提高魚類對大規(guī)模突發(fā)性疾病的抗病能力以成為人們所關(guān)注的重點(diǎn),傳統(tǒng)的藥物治療和預(yù)防不僅在魚體內(nèi)造成殘留,也會對污染養(yǎng)殖環(huán)境,所以挖掘魚類免疫相關(guān)基因和利用基因芯片快速高通量的檢測成為人們研究的熱點(diǎn)。
　　本研究獲得未注釋EST序列35,353條,經(jīng)過基因功能的GO注釋鑒定出444條鯉魚(Cyprinus carpio)免疫相關(guān)序列,已知核酸序列的獲取48條鯉

2、魚免疫相關(guān)功能基因,共獲得鯉魚免疫相關(guān)功能序列492條;在37個(gè)人體免疫基因芯片上,每個(gè)芯片選取8-10個(gè)基因,共選取337個(gè)基因進(jìn)行特異性引物設(shè)計(jì),共設(shè)計(jì)出300個(gè)基因的特異性引物3107對,合成306對引物,經(jīng)擴(kuò)增條件的篩選共選出264對鯉魚免疫相關(guān)功能基因引物。
　　本實(shí)驗(yàn)用上述264對引物的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物作為基因芯片的探針,探針濃度為0.5μg/μL時(shí),點(diǎn)樣效果最好;點(diǎn)樣時(shí)濕度為55,點(diǎn)直徑200μm,點(diǎn)間距300μm時(shí),

3、點(diǎn)圓潤,大小均勻,且分布均勻無交叉;檢測樣品OD260/OD280值范圍為1.8-2.0,濃度300-500ng/μl時(shí)雜交效果最好;雜交時(shí)樣品和雜交液混合比例為1:6,雜交溫度為55℃時(shí)雜交效果最好,雜交背景較弱;用制備好的基因芯片對未染病鏡鯉和染病鏡鯉的脾組織進(jìn)行基因表達(dá)差異的檢測,應(yīng)用 QuantArray微陣列分析軟件,分析兩個(gè)樣品RNA起始量之間的差異,進(jìn)行比值分析,確定差異表達(dá)的基因,在Dendritic&Antigen P