應(yīng)用寡核苷酸芯片篩選在RA誘導(dǎo)SH-SY5Y分化過程中差異表達(dá)基因.pdf

1、神經(jīng)母細(xì)胞瘤是最常見的兒童惡性腫瘤之一，也是最難治療的腫瘤之一，它是一種胚源性腫瘤，起源于神經(jīng)嵴。部分神經(jīng)母細(xì)胞瘤可自行退化，使用誘導(dǎo)劑也可以促進(jìn)神經(jīng)母細(xì)胞瘤分化。神經(jīng)母細(xì)胞瘤細(xì)胞系(SH-SY5Y)是神經(jīng)發(fā)育的良好模型，通過應(yīng)用轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析技術(shù)研究這種模型，可以深入了解神經(jīng)元分化過程的分子機(jī)制，并為腫瘤的臨床治療提供分子靶標(biāo)。維甲酸(RA)是一種強(qiáng)誘導(dǎo)分化劑，具有調(diào)控細(xì)胞分化和增殖能力，它可以誘導(dǎo)神經(jīng)母細(xì)胞瘤分化，使其發(fā)生逆轉(zhuǎn)，這種作

2、用是由于它可以改變細(xì)胞的基因表達(dá)。應(yīng)用寡核苷酸芯片研究維甲酸誘導(dǎo)神經(jīng)母細(xì)胞瘤分化過程中基因表達(dá)的整體變化，對(duì)于全面揭示該過程的分子事件及腫瘤的生物學(xué)行為具有重要意義。 為了能夠在基因組水平上認(rèn)識(shí)SH-SY5Y在RA誘導(dǎo)分化過程中的基因表達(dá)調(diào)控，我們從人胎腦及不同類型神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤組織中分離得到與神經(jīng)功能相關(guān)的基因209條，通過公共數(shù)據(jù)庫(kù)Genebank、EMBL等查尋其mRNA序列信息，設(shè)計(jì)基因特異寡核苷酸探針，制成神經(jīng)功能相關(guān)的

3、寡核苷酸芯片。用RA誘導(dǎo)SH-SY5Y細(xì)胞8天分化成神經(jīng)元，收集實(shí)驗(yàn)組和對(duì)照組(未加RA)1-8天的SH-SY5Y細(xì)胞的總RNA，應(yīng)用制備的寡核苷酸芯片篩選誘導(dǎo)分化過程中基因的表達(dá)差異，結(jié)果發(fā)現(xiàn)了13個(gè)表達(dá)上調(diào)的基因，但未發(fā)現(xiàn)下調(diào)基因。挑選了五個(gè)基因Mab2112、protein4.1N、SCG10、PS2、GAS6進(jìn)行RT-PCR驗(yàn)證，與芯片結(jié)果基本一致。寡核苷酸芯片分析和RT-PCR之間具有很好的相關(guān)性，這表明我們所構(gòu)建的寡核苷酸芯