DNA堿基切除修復途徑的多態(tài)性對結直腸癌發(fā)病的影響.pdf

1、目的:研究DNA堿基切除修復途徑上APE1、OGG1、ADPRT、POLB、XRCC1五個基因的六個標簽單核苷酸多態(tài)(tagSNP)位點的變異對漢族人群結直腸癌易患性的影響。
　　 方法:病例組為2009年1月至2009年7月在本院收治的123例原發(fā)性結直腸癌患者,其中男78例,女45例,年齡為29-8l(平均60.9±11.1)歲；對照組為158名在同一醫(yī)院體檢的健康成人。以病歷記錄方法和問卷調查取得資料。利用專業(yè)SNP功能預

2、測工具,對目的基因的SNPs進行功能預測,最后篩選出SNP變異對基因功能有潛在影響的位點。本研究根據(jù)國際人類基因組單體型圖提供的基因型選取了五個基因的六個tagSNP作為研究目標。提取外周血基因組DNA,用基質輔助激光解吸/電離飛行時間質譜檢測(MALDI-TOF)技術對候選SNP進行基因分型。根據(jù)SNP分型結果,逐個分析入選SNP各等位基因或基因型在病例與對照中的分布情況,在對照人群中做哈迪-溫伯格平衡檢驗,符合者進入結直腸癌病例對照

3、研究。分析各基因型對結直腸癌風險的修飾程度。各SNP的等位基因頻率及基因型分布及年齡、性別、吸煙、飲酒等群體屬性以啞變量法賦值后用χ2檢驗比較兩組各因素的觀察值與預期值,計算原始OR值。采用logistic回歸計算吸煙、飲酒等因素校正的ORa值和95％置信區(qū)間評價基因型對CRC風險的影響。并按吸煙或飲酒因素進一步分層分析,探討吸煙、飲酒因素各自與SNP對結直腸癌風險的交互作用,并分析不同聯(lián)合基因型攜帶者的結直腸癌風險差異。此外還將病例組

4、分為遠端CRC與近端CRC進行分層分析,以探求兩者是否在SNP與發(fā)病風險的關系上有區(qū)別。用SPSS11.5軟件包進行統(tǒng)計分析。以雙側P<0.05為統(tǒng)計學差異有顯著性。
　　 結果:APE1 RS1130409、OGG1 rs1052133、ADPRT rs3219145、XRCC1 rs25487等四個位點基因分型在病例對照人群中全部成功。ADPRT rs1136410在病例與對照中均有1例檢測失敗。POLB rs2307158

5、在20例對照和5例患者中檢測失敗,其余均檢測成功。10％樣本重復檢測結果與第一次檢測結果一致。
　　 (1)哈迪-溫伯格平衡檢驗結果顯示:APE1 rs1130409、OGG1 rs1052133、ADPRT rs1136410、XRCC1 rs25487等四個位點的基因型在對照人群中分布均符合該平衡(P>0.05)。POLB rs2307158顯示基因型在對照人群分布不符合平衡(P<0.05)；ADPRT rs3219145對

6、照與患者人群中均只檢測到AA、GA兩種基因型,亦不符合平衡,分析因為可能是由隨機抽樣誤差引起的偏倚,予以剔除。故納入最后關聯(lián)分析的是前述符合哈迪-溫伯格平衡的四個SNP。
　　 (2)病例組和對照組人群的吸煙、飲酒等構成無顯著差異,P>0.05且各因素P值均大于0.30,這些可能的影響因素在病例與對照人群中分布相似,提示兩組人群在關鍵因素上有自然的配比,病例對照可比性好。APE1 rs1130409變異型GT/GG的OR值為1.

7、14(95％CI0.69-1.90,P=0.613):OGG1rs1052133變異型CG/GG的OR值為0.94(95％CI0.48-1.85,P=0.866)；ADPRT rs1136410變異型TC/CC的OR值為1.02(95％CI0.61-1.68,P=0.953):以上三個SNP的基因型在病例組與對照組中分布未見顯著統(tǒng)計學差異,提示它們對CRC風險無明顯修飾作用。唯獨XRCC1 rs25487變異型GA/AA頻率在病例組明顯

8、高于對照組(48.0％ vs.36.1％),OR值為1.63(95％CI1.01-2.64,P=0.045,<0.05)。
　　 (3)根據(jù)吸煙或飲酒因素進一步分層分析,結果發(fā)現(xiàn),在吸煙組,XRCC1R399Q的風險修飾有更顯著的統(tǒng)計學意義,OR為2.39(95％CI1.04-5.47 P=0.038,<0.05),在不吸煙組未見XRCC1 R399Q對CRC發(fā)病的顯著影響(P>0.05)。在飲酒組XRCC1 R399Q作用顯著

9、OR為3.24(95％CI1.22-8.63P=0.017),而在不飲酒組亦無統(tǒng)計學意義(P>0.05)。而其他三個SNP得到的結果與未分層前得到的結果相似:無論吸煙與否,無論飲酒與否,均未見SNP變異對CRC風險有顯著影響(P>0.05)。
　　 (4)聯(lián)合基因型分析提示,在病例組與對照組中分布有顯著差異的是:APE1(V)-OGG1(V)-ADPRT(W)-XRCC1(W)組合,OR值為0.44(95％CI0.20-0.99

10、,P=0.042,<0.05)攜帶該聯(lián)合基因型者可能患CRC風險較??；APE1(V)-OGG1(V)-ADPRT(W)-XRCC1(V)組合,OR值為2.78(95％CI1.09-7.11,P=0.028,<0.05),該聯(lián)合基因型對CRC發(fā)病風險的修飾作用是其他聯(lián)合基因型的2.78倍。
　　 (5)進一步將病例組分為遠端CRC與近端CRC進行分層分析,結果提示XRCC1 RS99Q變異對CRC風險的顯著修飾作用只見于遠端CRC

11、。提示該SNP的風險修飾作用與遠端CRC關系更密切。
　　 結論:
　　 1.通過關聯(lián)研究,本研究發(fā)現(xiàn)了BER基因的遺傳多態(tài)性影響CRC的患病風險,XRCC1 rs25487變異型是結直腸癌的易患因素。
　　 2.根據(jù)吸煙或飲酒狀況的分層分析顯示,XRCC1 rs25487風險基因型在吸煙者或飲酒者中更加強烈地增加CRC患病風險,在不吸煙者或無飲酒者,未見CRC風險明顯增加。提示該SNP對CRC的風險修飾可能通過