云嶺牛和文山牛背最長肌肉質(zhì)特性及DNA甲基化分析.pdf

1、本研究以南方黃牛云嶺牛和文山牛的背最長肌組織為實驗材料，以西門塔爾牛的背最長肌組織為對照，比較不同牛品種的肉品質(zhì)的差異，利用甲基化修飾依賴性內(nèi)切酶測序法(MethylRAD-seq)和亞硫酸氫鹽測序PCR(BSP)技術(shù)分析比較不同品種牛背最長肌的甲基化圖譜，分析甲基化對不同品種牛肌肉肉質(zhì)的調(diào)控影響。結(jié)合MethylRAD-seq和實驗室已有的RNA-seq的數(shù)據(jù)，分析甲基化對不同牛種肉質(zhì)基因的表達(dá)調(diào)控，進(jìn)一步研究甲基化對牛背最長肌的調(diào)控

2、機制。
　　背最長肌肉品質(zhì)測定結(jié)果表明，牛肉中pH值和失水率在云嶺牛、文山牛和西門塔爾牛之間差異不顯著(P＞0.05)，云嶺牛和文山牛的脂肪百分含量顯著高于西門塔爾牛（P＜0.05），西門塔爾牛的蛋白質(zhì)含量顯著高于文山牛(P＜0.05)。本次實驗測定的4種常見脂肪酸（肉豆蔻酸、棕櫚酸、棕櫚油酸和硬脂酸）在云嶺牛，文山牛和西門塔爾牛之間的含量差異不顯著(P＞0.05)。
　　MethylRAD-seq分析結(jié)果表明，云嶺牛、文山

3、牛和西門塔爾牛分別有7027017(57.74％),6405515(56.37％),6734119(58.12％),6092960(54.82％),5510367(56.94％),7204540(62.06％),6829702(61.38％),6759345(54.58％),6901684(57.14％)個reads可以比對上牛參考基因組的唯一位置，這三種牛基因組中主要的甲基化模式是CpG型。唯一比對上的reads主要分布在gene和m

4、RNA上。不同牛品種之間比較，以西門塔爾牛為對照組，在云嶺牛肌肉組織中共檢測到39個甲基化差異基因，在文山牛肌肉組織中共檢測到123個甲基化差異基因，以文山牛為對照組，云嶺牛肌肉組織中共檢測到104個甲基化差異基因，只有一個差異基因(ALDH3A1)在西門塔爾牛、文山牛和云嶺牛之間甲基化水平均顯著差異(P＜0.05)。KEGG pathway分析表明，這些甲基化差異基因顯著富集的信號通路主要是氨基酸代謝，Ras信號通路、α-亞麻酸代謝、

5、血管平滑肌收縮、脂肪消化吸收、醚類脂質(zhì)代謝等(P＜0.05)。
　　MethylRAD-seq和實驗室已有的RNA-seq結(jié)果的聯(lián)合分析表明，西門塔爾牛和文山牛之間有21個基因甲基化程度和表達(dá)量均差異，西門塔爾牛和云嶺牛之間有24個差異甲基化和表達(dá)基因，文山牛和云嶺牛之間有80個差異甲基化和表達(dá)基因。
　　本研究利用亞硫酸氫鹽測序技術(shù)(BSP)檢測3個候選基因(ACAD11，F(xiàn)ADS6，F(xiàn)ASN)啟動子區(qū)甲基化程度，并分析基

6、因表達(dá)量與啟動子區(qū)甲基化程度之間的關(guān)系。結(jié)果表明，F(xiàn)ADS6和FASN整體的DNA甲基化程度與表達(dá)量呈現(xiàn)負(fù)相關(guān)，西門塔爾牛FASN的DNA甲基化程度顯著高于云嶺牛和文山牛(P＜0.05)，F(xiàn)ADS6的DNA甲基化程度在三個品種的牛之間差異不顯著，F(xiàn)ADS6的CpG4位點的甲基化程度西門塔爾牛品種顯著高于云嶺牛品種，CpG7位點的甲基化程度西門塔爾牛和云嶺牛品種顯著高于文山牛品種，除了CpG7、CpG9、CpG19、CpG14、CpG15