慢性HCV基因1b型感染者CTL抗原表位的變異對治療轉(zhuǎn)歸的影響.pdf

1、目的：本研究旨在探討經(jīng)標(biāo)準(zhǔn)PEG-IFN-α聯(lián)合利巴韋林抗病毒治療的丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus，HCv)基因1b型患者體內(nèi)CTL表位的變異情況及其與治療轉(zhuǎn)歸的關(guān)系，尋找保守的CTL表位，為今后HCV表位疫苗研究提供依據(jù)。
　　方法：病例來源于“十一五”重大專項丙型肝炎數(shù)據(jù)庫，根據(jù)治療應(yīng)答情況，將基因1b型HCV慢性感染者分為無應(yīng)答(Non-response，NR)組與快速應(yīng)答(Rapidviral respo

2、nse，RVR)組，再根據(jù)NR患者治療前后分為NR0周(Week，W)與NR12W。從兩組中各選取9例年齡、性別、初始病毒載量等相匹配的患者，所有患者均接受標(biāo)準(zhǔn)PEG-IFN-α(180μg/W)聯(lián)合利巴韋林(15 mg·kg-1·d-1)抗病毒治療，提取NR0W、12W及RVR0W的27份血清中的RNA，利用巢式RT-PCR擴(kuò)增HCV RNA全長序列并進(jìn)行克隆測序。經(jīng)文獻(xiàn)檢索及生物信息軟件預(yù)測，篩選了11個與CTL有較高敏感性與特異性

3、的抗原表位。分析野牛型(Wide type，WT)與突變型(Mutant type，MT)表位在NR0w和12W以及RVR0W準(zhǔn)種中的差異，以及分析這些表位在中國常見基因型中的序列保守性及保守表位側(cè)翼序列的變異。
　　結(jié)果：27份血清樣品中有16份血清樣品已擴(kuò)增出接近HCV編碼區(qū)全長的序列，其余11份樣品除了NS5A及NS5B部分區(qū)域外其他區(qū)域均已獲得18-24個克隆測序的結(jié)果。文獻(xiàn)檢索及預(yù)測的11個CTL抗原表位均在已擴(kuò)增出的序

4、列范圍內(nèi)。
　　1.組間比較：NR患者治療前后優(yōu)勢表位大多無變化，RVR0W與NR0W及12W相比，多數(shù)WT表位在RVR0W出現(xiàn)頻率高于NR0W及12W。
　　2.組內(nèi)比較：NR0W、12W與RVR0W優(yōu)勢表位多為野生型，NR組優(yōu)勢表位為MT變異的為第1位氨基酸(Amino acid，AA)變異或第2位常見錨定AA之間的替換。
　　3.突變位點分析：第2、9位錨定AA殘基位點的變異多為常見錨定AA之間的替換，常見變異包

5、括L2M、L2I、I2V、V9I、I9M、I9V。第3、4位AA殘基位點的變異多出現(xiàn)在NR0W及12W，RVR組很少出個位點的變異。第1、8位AA變異多見于NR患者中。第5、6、7位AA殘基較少發(fā)生變異。
　　4.側(cè)翼序列分析：E1-363、NS4B-1764表位側(cè)翼序列未發(fā)現(xiàn)非同義突變。NS3-1073氨基端(Amino，N)和羧基端(Carboxy，C)側(cè)翼均有非同義突變，NR8患者0W時該表位C端側(cè)翼存在Y1082F突變的準(zhǔn)

6、種為非優(yōu)勢準(zhǔn)種，12W時變?yōu)閮?yōu)勢準(zhǔn)種。E2-723與NS3-1411的N側(cè)翼及NS5B-2594的C端2605位出現(xiàn)非同義突變。
　　5.基因型1b、2a、6a間比較：各基因型間優(yōu)勢表位變異情況不一致，與WT表位相同或僅一個非錨定AA殘基位點變異的表位包括：WT E2-607、WT E2-723、WT NS3-1411和WT NS4B-1764。E1-363、E2-716、NS3-1703、NS5B-2594在各基因型間相對保守，

7、優(yōu)勢表位涉及2-3個非錨定AA殘基的改變。NS2-834、NS2-838、NS3-1406在基因型1b內(nèi)有9種以上表型，且基因型間也未發(fā)現(xiàn)完全相同的表型。
　　結(jié)論：1.RVR患者體內(nèi)優(yōu)勢表位多為野生型，發(fā)生突變的表位在RVR0W的所有準(zhǔn)種中不占優(yōu)勢。NR患者在治療前后優(yōu)勢表位大多無變化；逃避CTL免疫反應(yīng)的突變可能在治療前就已經(jīng)存在。
　　2.發(fā)生在錨定AA殘基位點的變異多為常見錨定AA殘基之間的替換，如E2-607 L2

8、I、E2-723 V9I。發(fā)生在第3、4為AA殘基位點的變異在NR組與RVR組有顯著差異，抗原表位發(fā)生免疫逃逸可能主要與TCR識別有關(guān)。發(fā)生在第1、8位的AA變異常是引起NR0W及12W優(yōu)勢表位由WT變?yōu)镸T的突變。
　　3.NR8患者對抗病毒治療無應(yīng)答除與多個表位發(fā)生突變有關(guān)外，可能與C端側(cè)翼1082位AA由Y突變?yōu)镕影響蛋白酶處理加工抗原表位有關(guān)。
　　4.篩選的11個CTL抗原表位除NS2-834、NS2-838及NS