基于60K芯片的中國地方豬種品種特異性遺傳標(biāo)簽構(gòu)建.pdf

1、我國擁有豐富的地方豬種資源，對地方豬種種質(zhì)特性系統(tǒng)開展表型組學(xué)、基因組學(xué)研究已經(jīng)成為當(dāng)前豬遺傳育種研究的重要內(nèi)容。利用現(xiàn)代基因組學(xué)技術(shù)構(gòu)建遺傳特異性遺傳標(biāo)簽和個體基因身份證，對于地方豬種的保護(hù)和開發(fā)具有十分重要的意義。一方面可以在保種過程中維護(hù)資源的純度，另一方面可開發(fā)形成地方土豬肉的基因追蹤溯源質(zhì)量保證體系。傳統(tǒng)的基于條形碼、無線射頻技術(shù)等的豬肉食品安全追溯技術(shù)，很難對從田間到餐桌的豬肉生產(chǎn)、屠宰、加工零售等完全實現(xiàn)精確而可靠的追溯。

2、本研究擬利用基于全基因組高密度芯片技術(shù)，構(gòu)建地方豬種的特異性遺傳標(biāo)簽，并對最精簡的特異性遺傳標(biāo)簽集合進(jìn)行準(zhǔn)確性驗證。
　　本研究對35個中外地方品種（中國地方豬種29個，培育品種2個，西方商品品種4個），共2856頭豬，進(jìn)行60K芯片掃描判型。分析了中國地方豬種和西方豬種的遺傳距離、分化和群體結(jié)構(gòu)，發(fā)現(xiàn)部分中國地方豬種可能混有西方豬種的血緣。利用全基因組關(guān)聯(lián)分析的case-control方法篩選出品種特異遺傳位點，再結(jié)合主成份分析

3、和鄰近法進(jìn)化樹相互印證，構(gòu)建了四組高質(zhì)量的品種特異性遺傳標(biāo)簽組合并進(jìn)行了驗證:(1)中國地方豬種（28個品種）的品種特異性遺傳標(biāo)簽為80個特異SNP位點的集合，準(zhǔn)確率達(dá)到100％;(2)二花臉豬的品種特異性遺傳標(biāo)簽集合，包含100個特異SNP位點，準(zhǔn)確率達(dá)到100％;(3)萊蕪豬的品種特異性遺傳標(biāo)簽集合為100個特異SNP位點，準(zhǔn)確率達(dá)到100％;(4)蘇太豬的品種特異性遺傳標(biāo)簽集合，包含120個特異SNP位點，準(zhǔn)確率達(dá)到99.9％。本