計算機高通量篩選及熒光共振能量轉移技術檢測BACE1非肽類小分子抑制劑.pdf

1、中山大學博士學位論文計算機高通量篩選及熒光共振能量轉移技術檢測BACE1非肽類小分子抑制劑姓名：劉述申請學位級別：博士專業(yè)：人體解剖與組織胚胎學指導教師：姚志彬20080520劉述博論文少A13牛成的目的。BACEl目前被普遍認為是最有希望的攻克AD的藥物靶點?，F(xiàn)在絕大部分BACEl抑制劑的設計還只是基于其作用底物或與其類似的天門冬氨酸蛋白酶抑制劑的骨架結構進行優(yōu)化，這類抑制劑大多是具有89個氨基酸的肽類，難以穿透血腦屏障為腦神經(jīng)細胞所

2、吸收，生物利用度低。同時肽類化合物穩(wěn)定性差，易為蛋白酶水解，藥效作用時間短。本課題組希望能在短時間內(nèi)開發(fā)出分予量較小、結構簡單、選擇性高的非肽類BACEl抑制劑，而且能口服吸收有效，無交叉反應，還能通過血腦屏障。為此，本研究采用國際上大型制藥公司在早期藥物開發(fā)階段所使用的技術，通過計算機高通量虛擬篩選，針對BACEl的二維晶體結構，在計算機工作站上利用分了對接軟件篩選ZINC數(shù)據(jù)庫，同時利用先進的線性相瓦作用能的理論和方法，在非常短的時

3、間進行大規(guī)模計算，從上百萬個小分子化合物中發(fā)現(xiàn)有苗頭的化合物，避免了漫長而又昂貴的實驗過程，為進一步的藥物開發(fā)奠定基礎。為了驗證通過計算機虛擬篩選出的BACEl小分予化合物是否真正對BACEl有抑制作用，本研究采用熒光共振能量轉移技術(fluorescenceresonanceenergytransfer，F(xiàn)RET)進行實物檢測，F(xiàn)RET技術是目前極受到重視的一門高新技術，非常快速和敏感，在藥物開發(fā)過程中，F(xiàn)RET技術現(xiàn)已被應用于高通量

4、篩選。本研究的目的有2個，一是構建計算機藥物篩選平臺，為大規(guī)模的藥物虛擬篩選提供堅實的基礎；二是希望通過計算機虛擬篩選，在短時間內(nèi)尋找到BACEl的小分子非肽類抑制劑，根據(jù)這些活性化合物的結構特點，為新型AD藥物的設計與開發(fā)提供重要的信息指導。實驗一針對BACEl的多種軟件測評針對BACEl的三維晶體結構，為了弄清楚采用何種分予對接軟件為優(yōu)，以及具體的參數(shù)設置，我們利用已知的含有05％陽性分了的數(shù)據(jù)庫，對7套分了對接軟件及相關參數(shù)設置模