TBX20基因多態(tài)性與新生兒先天性心臟病的實(shí)驗(yàn)研究.pdf

1、目的：探討心臟發(fā)育相關(guān)基因T-box20(TBX20)的SNPs位點(diǎn)(rs6950175、rs3999941)與新生兒先天性心臟病(CongenitalHeartDisease，CHD)的相關(guān)性。對CHD相關(guān)的TBX20基因編碼區(qū)SNPs進(jìn)行分析、篩選，確定可能影響基因功能的SNPs位點(diǎn)，為圍產(chǎn)期CHD的預(yù)防和治療對策提供理論依據(jù)。
　　方法：
　　1.利用NCBI網(wǎng)站SNPs數(shù)據(jù)庫查找TBX20基因編碼區(qū)所有SNPs，同時

2、運(yùn)用在線生物信息學(xué)工具SNPper軟件查找TBX20基因編碼區(qū)的SNPs。比較兩種查詢結(jié)果，確定所要研究的SNPs位點(diǎn)。
　　2.進(jìn)行臨床數(shù)據(jù)資料和臨床標(biāo)本收集和整理。采用病例-對照研究方法，采集入組CHD患者和健康對照組患者外周血2ml，枸櫞酸鈉抗凝，于-80℃保存?zhèn)溆谩?br>　　3.基因測序并評價SNP位點(diǎn)和CHD的相關(guān)性。血液基因組DNA提取→引物準(zhǔn)各→PCR擴(kuò)增目的片段→PCR產(chǎn)物的鑒定→PCR產(chǎn)物測序→數(shù)據(jù)分析。運(yùn)用S

3、PSS17.0軟件進(jìn)行相關(guān)數(shù)據(jù)分析：病例與對照組間SNP位點(diǎn)等位基因頻率及基因型頻率的比較，各基因型與CHD發(fā)病危險性的關(guān)系。
　　結(jié)果：
　　1.確定的TBX20基因2個SNP位點(diǎn)分別為rs6950175：c.765C>A(Ile255Ile)及rs3999941：c.766T>C(Phe256Leu)。
　　2.本研究中rs6950175位點(diǎn)新生兒病例與對照組中均表現(xiàn)為C/C純合型基因，故未對該位點(diǎn)做進(jìn)一步統(tǒng)計學(xué)分

4、析；rs3999941位點(diǎn)病例與對照組研究發(fā)現(xiàn)，病例組TC基因型的頻率高于對照組(x2=9.93，P<0.05)，且C等位基因頻率亦高于對照組(X2=7.29，P<0.05)。TC基因型(OR=7.11)OR大于1，所以TC基因型可使CHD發(fā)生的危險度增加。
　　3.本實(shí)驗(yàn)新發(fā)現(xiàn)了TBX20基因的c.657A>C(Ile219Ile)位點(diǎn)存在A/C基因型，該SNP位點(diǎn)位于TBX20基因同源結(jié)構(gòu)域內(nèi)的exon5內(nèi)，mRNA序列第65

5、7位A→C改變。
　　4.TBX20基因新的SNPs位點(diǎn)c.657A>C(Ile219Ile)，新生兒病例與對照研究發(fā)現(xiàn)，CHD組的AC基因型頻率高于對照組(x2=6.52，P<0.05)，且C等位基因的頻率亦高于對照組(x2=13.46，P<0.05)。AC基因型(OR=4.57)OR大于1，所以AC基因型使CHD發(fā)生的危險度增加。
　　結(jié)論：
　　1.通過對TBX20基因進(jìn)行生物學(xué)信息分析，綜合dbSNP數(shù)據(jù)庫和S

6、NPper軟件的檢索結(jié)果，選擇TBX20基因exon5內(nèi)確定的SNP位點(diǎn)：rs6950175：(c.765C>A)及rs3999941：(c.766T>C)。
　　2.選定的SNPs位點(diǎn)rs6950175(c.765C>A)在病例與對照組中均表現(xiàn)為C/C純合型基因，推測該位點(diǎn)可能與本組CHD的發(fā)生無關(guān)。選定的SNPs位點(diǎn)rs3999941：(c.766T>C)的TC基因型(OR=7.11)OR大于1，使本組新生兒CHD發(fā)生的危險度